Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 waren auch die Kirchen in Deutschland von der Gleichschaltung bedroht. Innerhalb der zersplitterten evangelischen Kirche hatte sich schon um 1930 die Glaubensbewegung Deutsche Christen gebildet, eine Vereinigung nationalsozialistischer Kirchenmitglieder, die mit Unterstützung Adolf Hitlers die reichsweiten Kirchenwahlen vom 23. Juli 1933 gewannen und die meisten wichtigen Kirchenämter besetzten. Lediglich die Bischöfe der Landeskirchen von Bayern, Württemberg und Hannover gehörten nicht den Deutschen Christen an.
Nachdem die Deutschen Christen den sogenannten Arierparagraphen in der größten evangelischen Landeskirche, der Altpreußischen Union, für Kirchenämter eingeführt hatten, gründeten die Pfarrer Eugen Weschke, Herbert Goltzen und Günter Jacob im September 1933 den Pfarrernotbund. Er rief alle deutschen Pfarrer zum Protest gegen den "Arierparagraphen" und zur Hilfe für Betroffene auf. Ab Mitte Oktober hatte der Pfarrernotbund eine feste organisatorische Struktur. Bis Januar 1934 schloß sich ihm mit etwa 7.000 Pfarrern ungefähr ein Drittel der evangelischen Geistlichen im Deutschen Reich an. Außerdem bildeten sich in vielen Landeskirchen sogenannte Bekenntnisgemeinschaften, die mit dem Pfarrernotbund die Wurzeln der Bekennenden Kirche darstellten. Im März 1934 übernahm ein "Reichsbruderrat" die Koordination und lud zur ersten Barmer Bekenntnissynode vom 29. bis 31. Mai 1934 ein, auf der sich die Bekennende Kirche konstituierte. Sie sah sich als die rechtmäßige evangelische Kirche in Deutschland an und verweigerte der nationalsozialistisch orientierten Reichskirche den Gehorsam. Eine Erklärung des Theologen Karl Barth (1886-1968) wurde ihr theologisches Fundament. Sie verwarf die Gleichschaltungspolitik des NS-Regimes, ebenso die Verfälschung der christlichen Lehre durch die völkisch-rassische Ideologie des Nationalsozialismus.
Die zweite Bekenntnissynode in Berlin-Dahlem am 19. und 20. Oktober 1934 proklamierte das "kirchliche Notrecht" für Pfarrer, mit dem die Gehorsamsverweigerung gegenüber der Obrigkeit gerechtfertigt wurde. Die Bekennende Kirche berief einen "Bruderrat", der gemeinsam mit den Bischöfen von Hannover, Württemberg und Bayern eine "Vorläufige Kirchenleitung der Deutschen Evangelischen Kirche" einsetzte, die bis Februar 1936 im Amt blieb. Der Bekennenden Kirche ging es vor allem um die Erhaltung kirchlicher Freiheiten, und sie verstand sich nicht als politische Oppositionsbewegung. Wer sich aber dem nationalsozialistischen Totalitätsanspruch widersetzte, galt zwangsläufig als staatsfeindlich orientiert und wurde in seiner Arbeit behindert. Zahlreiche Geistliche wurden verwarnt, erhielten Redeverbot oder mussten ihre Gemeinden verlassen. Bekannte Angehörige der Bekennenden Kirche wie Martin Niemöller, der Landesbischof von Württemberg Theophil Wurm (1868-1963), Dietrich Bonhoeffer oder Otto Dibelius wurden in Haft genommen oder unter Hausarrest gestellt.
Gleichzeitig befürwortete das NS-Regime nach der gescheiterten Gleichschaltung und der gleichbleibend hohen Beliebtheit der Bekennenden Kirche bei den Gläubigen einen Kompromiss zwischen Deutschen Christen und Bekennender Kirche. An der Frage einer Zusammenarbeit der Bekennende Kirche in begrenztem Umfang mit staatlichen Behörden zerbrach sie im Frühjahr 1936. Die Gegner wählten am 12. März 1936 die zweite "Vorläufige Leitung der Deutschen Evangelischen Kirche" und setzten den Kirchenkampf kompromisslos fort. Im Mai 1936 richtete sie eine geheime Denkschrift an Hitler, die weit über kirchenpolitische Themen hinaus ging. Die Denkschrift prangerte die Verhaftung von bekennenden Geistlichen, aber auch die Existenz von Konzentrationslagern (KZ) generell und den Terror der Geheimen Staatspolizei (Gestapo) an und verwarf ausdrücklich die "nationalsozialistische Weltanschauung" und den staatlichen Antisemitismus. Nachdem die Denkschrift im Ausland öffentlich wurde, bekannte sich die zweite "Vorläufige Kirchenleitung" in einer Kanzelverkündigung am 30. August 1936 auch in Deutschland zu ihr. Eine Welle von Verhaftungen wegen Landesverrats war die Folge. Allein 1937 wurden fast 800 Pfarrer und Kirchenjuristen der Bekennenden Kirche vor Gericht gestellt.
In Berlin wurde 1938 von Heinrich Grüber (1891-1975) das "Büro Pfarrer Grüber" gegründet, das evangelischen Christen "jüdischer Herkunft" bei Ausgrenzung und Verfolgung beistand und Hunderten zur Ausreise verhalf. Nach der Verhaftung Grübers 1940 musste die Hilfe eingestellt werden. Der Mord an den Juden wurde zwar im Oktober 1943 durch die Altpreußische Bekenntnissynode verurteilt, zu massiven Protesten kam es aber nicht. Das Schweigen auch großer Teile der Bekennenden Kirche zum NS-Völkermord war nach Ende des Zweiten Weltkriegs einer der Gründe für die Abfassung des "Stuttgarter Schuldbekenntnisses", in dem sich der Rat der Evangelischen Kirche in Deutschland am 18./19. Oktober 1945 zur Mitverantwortung der Kirche an den Verbrechen des Nationalsozialismus bekannte.
