Der Anspruch des NS-Regimes, alle Bereiche des öffentlichen wie des privaten Lebens mit nationalsozialistischer Ideologie zu durchdringen, erstreckte sich auch auf das Religiöse. Die beiden großen christlichen Kirchen sahen sich ab Frühjahr 1933 daher in Auseinandersetzungen mit dem NS-Regime verstrickt und dem Versuch der Gleichschaltung ausgesetzt. Adolf Hitler war sich jedoch durchaus bewußt, daß die Etablierung des NS-Regimes nicht gegen massiven Widerstand der Kirchen zu erreichen war - gehörten 1933 doch immerhin 62,7 Prozent der Deutschen der protestantischen und 32,5 Prozent der katholischen Kirche an. Die antichristliche Weltanschauung des Nationalsozialismus und taktische Züge bestimmten daher eine widersprüchliche und uneinheitliche NS-Kirchenpolitik in den ersten Jahren. Langfristiges Ziel blieb die Eindämmung des gesellschaftlichen Einflusses der Kirchen.
Die protestantische Kirche war inhaltlich wie organisatorisch zersplittert, die 28 Landeskirchen waren im Deutschen Evangelischen Kirchenbund nur locker zusammengeschlossen. Die nationalsozialistische Machtübernahme wurde zunächst überwiegend positiv aufgenommen. Bereits ab 1932 existierte die "Glaubensbewegung Deutsche Christen". Diese Vereinigung protestantischer Nationalsozialisten hatte bei den Synodalwahlen in der Altpreußischen Union, der größten evangelischen Landeskirche, im September 1932 fast ein Drittel der Stimmen erhalten. Die Gleichschaltung der protestantischen Kirche von innen heraus schien der NS-Führung daher möglich. Nach massiver Propaganda gewannen am 23. Juli 1933 die Deutschen Christen die Kirchenwahlen in der neugeschaffenen einheitlichen Reichskirche und stellten damit die Bischöfe in fast allen evangelischen Landeskirchen. Am 27. September wurde Hitlers "Bevollmächtigter für die Angelegenheiten der Evangelischen Kirche", Ludwig Müller (1883-1945), Reichsbischof. Für die Reichskirche strebte er die Einführung des Führerprinzips an und überführte im Dezember 1933 die evangelischen Jugendverbände in die Hitler-Jugend.
Bereits am 5. September hatte die Altpreußische Union den für Beamte geltenden "Arierparagraphen" auch für protestantische Geistliche eingeführt. Die Deutschen Christen forderten nun seine Einführung in der gesamten Reichskirche und verwarfen gleichzeitig das Alte Testament als "jüdisch". Gegen diese Anschauungen richtete sich der Protest vieler Kirchenmitglieder. Im September 1933 rief deshalb der Pfarrer Martin Niemöller den gegen die Deutschen Christen gerichteten Pfarrernotbund ins Leben. Das Programm der Deutschen Christen und die Befürwortung des "Arierparagraphen" sah er als Verfälschung der christlichen Lehre an. Der Pfarrernotbund wurde zu einer der wichtigsten Wurzeln der Bekennenden Kirche, die sich ab 1934 formierte. Die Bekennende Kirche verstand sich als "rechtmäßige evangelische Kirche" in Deutschland und berief sich auf ein "kirchliches Notrecht". Mit ihrer offenen Gehorsamsaufkündigung gegenüber Reichsbischof Müller scheiterte der Versuch der Nationalsozialisten, die Reichskirche gleichzuschalten. Als politischen Widerstand begriff die Bekennende Kirche ihre Tätigkeit zunächst aber nicht. Der Versuch der Selbstbehauptung und die Artikulation abweichender Meinungen reichte jedoch aus, um vom NS-Regime als staatsfeindlich klassifiziert zu werden. Die Verfolgung der Bekennenden Kirche nahm zu, als im August 1936 eine Denkschrift an Hitler öffentlich wurde, in der sie die Existenz von Konzentrationslagern (KZ) angeprangerte und die "nationalsozialistische Weltanschauung" verwarf.
Die katholische Kirche in Deutschland war in den Jahren 1930 bis 1933 vielfach als Kritikerin des Nationalsozialismus aufgetreten. Nachdem sich jedoch Hitler mehrmals kirchenfreundlich äußerte und in seiner Regierungserklärung am 23. März 1933 die beiden großen christlichen Kirchen als "wichtigste Faktoren zur Erhaltung unseres Volkstums" bezeichnete, relativierte die katholische Kirche ihre bisherige Kritik. Ihr Ziel war nun die rechtliche Sicherung ihrer institutionellen Sonderrechte. Im April 1933 ging von der deutschen Regierung die Initiative zu einem Reichskonkordat mit dem Vatikan aus, das am 20. Juli unterzeichnet wurde. Das Konkordat beinhaltete das Ende des politischen Katholizismus, garantierte der katholischen Kirche aber institutionelle Selbstverwaltung, das Fortbestehen der katholischen Bekenntnisschulen und die Freiheit des Bekenntnisses sowie seiner öffentlichen Verbreitung. Bereits im Herbst 1933 stellte der Episkopat jedoch fest, daß das NS-Regime das Konkordat fortwährend brach. Ab 1935 wurden in einer Verleumdungskampagne zahlreiche katholische Geistliche wegen angeblicher Sittlichkeits- und Devisenvergehen angeklagt und verfolgt, Eingaben des Episkopats blieben ohne Erfolg. Daraufhin erschien 1937 die päpstliche Enzyklika "Mit brennender Sorge", in der Papst Pius XI. (1857-1939) die Konkordatsbrüche anklagte. Nach der Verlesung der Enzyklika von den Kanzeln erreichten die Verfolgungen von katholischen Geistlichen in Deutschland einen Höhepunkt. Zahlreiche Verfolgte flohen ins Ausland.
Mit Beginn des Zweiten Weltkriegs 1939 strebte das NS-Regime einen "Burgfrieden" mit den Kirchen an. Die Verfolgung von Geistlichen nahm daher ab. Allerdings wurden sowohl die kirchliche Publizistik als auch die Militärseelsorge in erheblichem Maße behindert. Mit Kriegsbeginn begann im Deutschen Reich auch der Mord an unheilbar Kranken und Behinderten. Die "Euthanasie"-Aktionen waren Gegenstand kirchlichen Protestes. Nach Predigten des Münsteraner Bischof Clemens August Graf von Galen im Sommer 1941 nahmen Proteste in der Bevölkerung derart zu, daß die Mordaktionenoffiziell gestoppt, heimlich jedoch weitergeführt wurden. Zur Verfolgung der Juden schwiegen die Kirchen hingegen zu lange. Weder zu den Nürnberger Gesetzen von 1935, noch zum Pogrom vom 9. November 1938 äußerten die Amtskirchen sich öffentlich. Auch nach Beginn der Deportationen deutscher Juden in die Vernichtungslager im Oktober 1941 kam es zu keinem ähnlichen Protest wie gegen die "Euthanasie". Nur indirekt verurteilten die katholischen Bischöfe in Kanzelworten und mit der Verlesung eines "Menschenrechtshirtenbriefs" im März 1942 den NS-Völkermord. Einzelne Christen, die den Verfolgten zu helfen versuchten, bezahlten ihr Engagement aus Nächstenliebe zumeist mit der Einlieferung in ein KZ und wie der Berliner Dompropst Bernhard Lichtenberg häufig mit dem Leben.
Nach Ende des Zweiten Weltkriegs erkannten die katholischen Bischöfe in einem Hirtenwort vom 23. August 1945 die Mitschuld der katholischen Kirche an den Verbrechen des Nationalsozialismus an. Der Rat der Evangelischen Kirche in Deutschland veröffentlichte am 18./19. Oktober 1945 das sogenannte Stuttgarter Schuldbekenntnis. Neben den beiden großen Kirchen existierten in Deutschland zahlreiche Freikirchen. Besonders unter der nationalsozialistischen Verfolgungen zu leiden hatten die etwa 25.000 Zeugen Jehovas oder Ernste Bibelforscher, die nicht nur den "Hitlergruß", sondern auch den Kriegsdienst verweigerten. Nahezu 10.000 Zeugen Jehovas wurden als eigene Häftlingsgemeinschaft zeitweise in Konzentrationslagern inhaftiert, wo rund 1.200 von ihnen starben.
