Nach der Niederlage Frankreichs im Juni 1940 gewann die Vorstellung einer Zwangsumsiedlung aller europäischen Juden auf die Insel Madagaskar kurzfristig an Bedeutung. Bereits seit Frühjahr 1940 war der sogenannte Madagaskar-Plan Gegenstand von Planungen des Reichssicherheitshauptamts (RSHA) und des Auswärtigen Amts. In einem Schreiben an Außenminister Joachim von Ribbentrop vom 24. Juni 1940 erwog Reinhard Heydrich als "territoriale Endlösung" die "Auswanderung" aller im deutschen Machtbereich befindlichen Juden auf die französische Kolonialinsel vor Ostafrika. Heydrich griff damit eine seit dem 19. Jahrhundert in der antisemitischen Literatur diskutierte Idee auf.
Der Madagaskar-Plan war ein weiterer Versuch des NS-Regimes, von dem bis dahin eher experimentell geprägten Umgang mit der "Lösung der Judenfrage" zu einem konkreten Ergebnis zu kommen. Die im Madagaskar-Projekt geplante "jüdische Wohnstätte unter deutscher Oberhoheit" wäre de facto ein Großghetto und eine Sterbeinsel gewesen. Wie offen über den Plan diskutiert wurde, zeigt ein Tagebucheintrag von Adam Czerniaków (1888-1942) vom 1. Juli 1940: Der Vorsitzende des "Judenrats" im Warschauer Ghetto erfuhr durch einen Gestapomann von den Madagaskar-Planungen.
Mit der Ausarbeitung der Details beauftragte Heydrich den Leiter des "Judenreferats" im RSHA, Adolf Eichmann. Mitte August 1940 erhielt das Auswärtige Amt vom RSHA eine Projektbeschreibung für die Umsiedelung der Juden nach Madagaskar. Da die "Bereinigung des Judenproblems durch Auswanderung" innerhalb Europas unmöglich geworden wäre, müsste zur "Vermeidung dauernder Berührung anderer Völker mit Juden eine Überseelösung insularen Charakters" der unbedingte Vorzug gegeben werden. Eine wesentliche Voraussetzung für die Umsetzung des Madagaskar-Plans war jedoch der Sieg über Großbritannien. Angesichts der Überlegenheit der britischen Flotte erwies er sich als nicht realisierbar. Im September 1940 wurden alle Arbeiten am Madagaskar-Plan eingestellt.