Das Propagandabild vom "Bolschewisten" sowie bekannt gewordene Grausamkeiten sowjetischer Soldaten an deutschen Zivilisten lösten parallel zum sowjetischen Vormarsch ab Oktober 1944 gewaltige Flüchtlingstrecks der deutschen Bevölkerung aus. Zunächst aus Ostpreußen, schließlich aus Schlesien und Pommern zogen Millionen in den Wintermonaten 1944/45 bei Schnee und Kälte zumeist zu Fuß mit Handwagen oder mit Pferdefuhrwerken in das westliche Reichsgebiet. Viele Fluchtwillige wurden zuvor von politischen Leitern zu lange vom Verlassen ihrer Orte zurückgehalten: Flüchtlingsströme passten nicht zu den bis zuletzt verkündeten Siegesparolen der NS-Propaganda. Wer von der schnell vorrückenden Roten Armee eingeholt wurde, dem drohten Misshandlung, Vergewaltigung und Ermordung.
Zahlreiche Flüchtlingstrecks gerieten zwischen die Fronten und wurden aufgerieben. Zehntausende starben zudem an Hunger, Erfrierungen oder durch gezielte Tieffliegerangriffe der Alliierten. Nahezu 800 Kriegs- und Handelsschiffe zog die deutsche Kriegsmarine Ende Januar 1945 in der Ostsee zusammen, nachdem durch die sowjetische Winteroffensive 1945 Ostpreußen eingeschlossen und der Landweg nach Westen versperrt war. In einer großen Rettungsaktion konnten bis Mai 1945 etwa 1,5 Millionen Zivilisten und rund 500.000 Wehrmachtssoldaten aus Ostpreußen, Pommern und Kurland nach Dänemark und Schleswig-Holstein evakuiert werden. Fast 9.300 Flüchtlinge starben am 30. Januar 1945 hingegen bei der Torpedierung des Lazarettschiffs "Wilhelm Gustloff" durch ein sowjetisches U-Boot. Rund 1,6 Millionen Schlesier waren zunächst ins Sudetenland und in das sogenannte Protektorat Böhmen und Mähren geflohen. Zum Zeitpunkt der deutschen Kapitulation am 8. Mai 1945 befand sich fast die Hälfte der über 15 Millionen umfassenden deutschen Bevölkerung der Ostprovinzen sowie der Siedlungsgebiete in Ungarn, Rumänien und Jugoslawien westlich der Oder und Neiße. Viele der Daheimgebliebenen waren der Rache vor allem von Tschechen und Polen ausgesetzt, Tausende wurden ermordet.
Flucht und Vertreibung aus den ehemaligen Ostgebieten des Deutschen Reichs hielten bis lange nach Kriegsende an und forderten zwischen 1944 und 1947 bis zu 600.000 Menschenleben. Amtliche Zahlen aus den 1950er Jahren gingen von ca. zwei Millionen Toten aus, halten einer Überprüfung aber nicht stand.
