Im Frühjahr 1941 wurde auf einem ehemaligen Truppenübungsplatz in Bergen, etwa 60 Kilometer nordöstlich von Hannover, im Zusammenhang mit den Kriegsvorbereitungen gegen die Sowjetunion das Kriegsgefangenenlager Bergen-Belsen von der Wehrmacht errichtet. Wenige Wochen nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion vom 22. Juni 1941 trafen die ersten Gefangenentransporte im Lager ein. Bis Februar 1942 starben dort von etwa 21.000 sowjetischen Kriegsgefangenen mindestens 18.000 aufgrund katastrophaler Lebensbedingungen. Als im Frühjahr 1943 nur noch wenige Gefangene am Leben waren, wurde Bergen-Belsen aufgelöst und die Überlebenden dem benachbarten Lager Fallingbostel überstellt.
Im April 1943 erreichte Oswald Pohl, Chef des Wirtschaftsverwaltungshauptamts (WVHA), auf der Suche nach einem geeigneten Lager für über 10.000 inhaftierte Juden vom Oberkommando der Wehrmacht (OKW) die Abtretung eines Teils des Kriegsgefangenenlagers Bergen-Belsen. Die dort eingelieferten ausländischen Juden sollten gegen im Ausland internierte Deutsche ausgetauscht werden. Da Zivilinternierungslager einer Bestimmung der Genfer Konvention zufolge einer Kontrolle zugänglich sein mußten, wurde die offizielle Bezeichnung "Zivilinternierungslager Bergen-Belsen" im Juni 1943 in "Aufenthaltslager" geändert, um auf diese Weise eine Besichtigung des Lagers durch eine internationale Kommission zu verhindern.
In den Richtlinien des Reichssicherheitshauptamts (RSHA) vom 31. August 1943 wurde der Kreis der Personen festgelegt, die in das Lager eingeliefert werden sollten: "1. Juden, die verwandtschaftliche oder sonstige Beziehungen zu einflussreichen Personen im feindlichen Ausland haben; 2. Juden, die unter Zugrundelegung eines günstigen Schlüssels für einen Austausch gegen im feindlichen Ausland internierte oder gefangene Reichsangehörige in Frage kommen; 3. Juden, die als Geiseln und als politische oder wirtschaftliche Druckmittel brauchbar sein können; 4. Jüdische Spitzenfunktionäre."
Im Juli 1943 erreichten die ersten Transporte mit jüdischen Häftlingen aus Polen das "Aufenthaltslager Bergen-Belsen", welches in mehrere Lagerabteilungen aufgegliedert war. Privilegierte Juden wurden im "Sternlager" untergebracht und mussten den "Judenstern" auf ihrer Kleidung tragen. Juden mit der Staatsangehörigkeit neutraler Staaten waren im sogenannten Neutralenlager, polnische Juden mit Staatsangehörigkeitspapieren verschiedener Länder in einem "Sonderlager" untergebracht. Zudem existierte seit Juli 1944 ein "Ungarnlager", in welches 1.683 ungarische Juden im Zuge einer Sonderaktion eingeliefert worden waren. Ende 1944 durften sie gegen Bezahlung eines "Kopfgelds" in die Schweiz ausreisen. Des weiteren bestand seit Errichtung des "Aufenthaltslagers Bergen-Belsen" ein Häftlingslager, in welchem etwa 500 vorwiegend sowjetische und polnische Häftlinge gesondert untergebracht waren, die zum Auf- und Ausbau des Lagers herangezogen wurden. Die meisten von ihnen starben aufgrund der harten Lebensbedingungen, so dass das Aufbaukommando im Februar 1944 aufgelöst wurde.
Ab März 1944 entwickelte sich das "Austauschlager" zu einem Aufnahmelager für kranke und erschöpfte und somit arbeitsunfähige Häftlinge aus den Konzentrationslagern (KZ). Ohne ärztliche Behandlung, ausreichende Nahrung und Unterkünfte wurden die Häftlinge ihrem Schicksal überlassen. Ab August 1944 erreichten Tausende von Frauen aus den Arbeitslagern im Osten Bergen-Belsen, um von dort in die Außenlager der KZ zur Zwangsarbeit in den Rüstungsbetrieben transportiert zu werden. Allein aus dem Konzentrations- und Vernichtungslager Auschwitz-Birkenau trafen etwa 8.000 Frauen in Bergen-Belsen ein. Darunter auch die 15jährige Anne Frank. Seit Ende 1944 wurde Bergen-Belsen Ziel zahlreicher "Todesmärsche" aus den frontnahen Konzentrationslagern. Die totale Überbelegung des Lagers und die völlig unzureichenden Lebensbedingungen kosteten in der Zeit von Januar bis Mitte April 1945 über 35.000 Menschen das Leben.
Als Bergen-Belsen am 15. April 1945 von britischen Soldaten befreit wurde, bot sich diesen ein Bild des Schreckens: Tausende von Leichen lagen über das Lager verstreut und zwischen ihnen Überlebende in allen Stadien der Auszehrung und der Krankheit. Von den Häftlingen des "Aufenthaltslagers Bergen-Belsen" haben nur 357 durch tatsächlichen "Austausch" die Freiheit erlangt. Etwa 50.000 Häftlinge und 20.000 sowjetische Kriegsgefangene kamen im Lager ums Leben. Rund 14.000 Überlebende starben bis Ende Juni 1945 an den Folgen der Haftbedingungen.
Am 15. April 1946 errichtete das Belsener Jüdische Komitee ein Mahnmal auf dem ehemaligen Lagergelände. Das zentrale Mahnmal für die Opfer des Konzentrationslagers Bergen-Belsen wurde 1952 eingeweiht. 1990 wurde im "neuen Dokumentenhaus" eine Dauerausstellung eröffnet, die über die Lagergeschichte informiert.