Am 28. März 1849 war der preußische König Friedrich Wilhelm IV. von der Mehrheit der Abgeordneten des Frankfurter Paulskirchenparlamentes zum Kaiser der Deutschen gewählt worden. Doch die ihm "von unten" angebotene Krone lehnte Friedrich Wilhelm IV. aus Überzeugung ab, ihr haftete seiner Auffassung nach der "Ludergeruch der Revolution" an. Das Ringen um die innere und äußere Gestalt Deutschlands war mit dem Scheitern des Einigungsprozesses durch die Nationalversammlung in der Paulskirche 1849 nicht beendet. Während Preußen die Gründung eines monarchisch legitimierten kleindeutschen Reiches plante, drängte Österreich erfolgreich auf Wiederherstellung des Deutschen Bundes, der sich in den 1850er Jahren zu einem Instrument antiliberaler Unterdrückungspolitik entwickelte.
Friedrich Wilhelm IV. verfolgte 1849 ein eigenes Neuordnungskonzept: Bis Ende des Jahres schlossen sich auf Initiative Preußens 26 Staaten zur "Deutschen Union" zusammen, um einen kleindeutschen Nationalstaat durch souveräne Fürsten "von oben" zu gründen.
Demgegenüber sah die Politik Österreichs unter Kaiser Franz Joseph I. die Stärkung der alten Institutionen des Deutschen Bundes und dessen engere Kontrolle durch Wien vor. Unter österreichischem Vorsitz trat die Bundesversammlung in Frankfurt am 2. September 1850 nach über zwei Jahren erstmals wieder zusammen. Vertreten waren Österreich, Bayern, Württemberg, Sachsen, Hannover, Kurhessen, Hessen-Darmstadt, Mecklenburg-Strelitz, Luxemburg, Limburg, Holstein, Lauenburg, Lippe, Liechtenstein und Hessen-Homburg.
Im Dualismus der beiden Großmächte erlangte der schwere Verfassungskonflikt in Kurhessen deutschlandweite Bedeutung, der wegen divergierender Machtinteressen Preußen und Österreich an den Rand eines Krieges führte. Die unmittelbare Kriegsgefahr wendeten beide Staaten durch Unterzeichnung der "Olmützer Punktation" vom 29. November 1850 ab. Preußen verzichtete darin auf ein Eingreifen im Kurfürstentum Hessen und auf die Fortführung sämtlicher Unionspläne. Zugleich einigten sich Preußen und Österreich auf die Wiederherstellung des Deutschen Bundes, der im Revolutionsjahr 1848 für aufgelöst erklärt worden war. Um über dessen Zukunft und die von den Mittelmächten geforderten Reformen zu beraten, wurde am 23. Dezember 1850 die Dresdener Ministerialkonferenz einberufen. Dort fand keiner der vorgebrachten Reformvorschläge eine Mehrheit, so dass im Deutschen Bund der vorherige Zustand beibehalten wurde.
Die erste Sitzung der Bundesversammlung unter Teilnahme aller 37 deutschen Staaten fand am 13. Juni 1851 in Frankfurt statt. Mit dem wenige Wochen später erlassenen "Bundesreaktionsbeschluss" sollten die in den einzelnen Bundesstaaten seit 1848 erlassenen Verfassungsbestimmungen und liberalen Einrichtungen geändert oder aufgehoben werden, sofern sie nicht mit der Bundesakte von 1815 vereinbar waren. Zur Disposition standen die Vereidigung des Heeres auf die jeweilige Landesverfassung, das demokratische Wahlrecht, die Budgetgewalt einzelstaatlicher Landtage, das Vereinsrecht mit der Möglichkeit zur Bildung politischer Parteien sowie die Pressefreiheit.
Als zentrale Kontrollinstanz diente der "Reaktionsausschuss". Ausgestattet mit weitreichenden Befugnissen sicherte er insbesondere Preußen und Österreich einen maßgeblichen Einfluss auf die Politik des Deutschen Bundes, da viele landesspezifische Angelegenheiten nun als Fragen der "öffentlichen Sicherheit und Ordnung" betrachtet werden konnten. Den vom Deutschen Bund in Kooperation von Österreich und Preußen vorgegebenen Repressionsmaßnahmen folgten die Einzelstaaten aber in sehr unterschiedlichem Maße: Viele Mittel- und Kleinstaaten setzten reaktionäre Bundesbeschlüsse nur auf dem Papier um - sei es aus liberalerer Grundüberzeugung oder als Abwehr der zentralistischen Bundespolitik.
Der 1851 zum preußischen Bundestagsgesandten in Frankfurt ernannte Otto von Bismarck arbeitete bei der Wahrung konservativer Prinzipien eng mit Österreich zusammen, einer machtpolitischen Vorrangstellung des Kontrahenten im Deutschen Bund trat er jedoch entschieden entgegen. Die Versuche der beiden Großmächte, die Bundesinstitutionen zugunsten eigener machtpolitischer Ambitionen zu instrumentalisieren, führten weitgehend zum Stillstand innerer Reformtätigkeiten des Bundes. Gleichzeitig bemühten sich die Königreiche Bayern, Sachsen, Württemberg und Hannover, als "Drittes Deutschland" die föderative Gestalt des Deutschen Bundes zu stärken und die Vormachtsstellung der beiden Großmächte zumindest teilweise zu brechen. Die von den Mittelmächten angestrebte Trias-Politik nahm allerdings zu keinem Zeitpunkt konkrete Gestalt an.
Durch Erfolge der italienischen Einigungsbewegung Ende der 1850er Jahre gewann der nationale Gedanke in Deutschland erneut enormen Auftrieb. Nachdem die Verbindung von Machtpolitik und Volkswillen 1861 zur Proklamation des vereinten Königreichs Italien geführt hatte, wirkte sich dies ermutigend auf die deutsche Nationalbewegung aus. Der 1859 entstandene "Deutsche Nationalverein" gab die Richtung vor: den kleindeutschen Nationalstaat auf parlamentarischer Grundlage. Die Schubkraft der nationalen Idee aufgreifend, forcierte der 1862 zum preußischen Ministerpräsidenten ernannte Otto von Bismarck die Machterweiterung Preußens und die Gründung eines kleindeutschen Nationalstaates unter preußischer Führung. Bismarcks Politik, die Einigung Deutschlands notfalls auch gegen Österreich voranzutreiben, führte zu einer fortschreitenden Polarisierung innerhalb des Deutschen Bundes.
Trotz des gemeinsamen entschlossenen Vorgehens von Preußen und Österreich im Deutsch-Dänischen Krieg 1864 nahmen die Unstimmigkeiten zwischen den beiden Vormächten weiter zu. Die angestauten machtpolitischen Spannungen entluden sich 1866: Am 7. Juni marschierten preußische Truppen in das seit 1864 unter österreichischer Verwaltung stehende Holstein ein. Dem Antrag Österreichs auf Mobilisierung des gesamten nichtpreußischen Bundesheeres stimmten die größeren deutschen Staaten zu. Daraufhin erklärte Preußen den Bundesvertrag für nichtig. Nachdem preußische Truppen in Sachsen, Hannover und Kurhessen einmarschiert waren, forderte Bismarck die norddeutschen Bundesmitglieder auf, sich im Deutschen Krieg mit Preußen zu verbünden. Acht Staaten folgten dem "Bündnisangebot" sofort, weitere neun nach der kriegsentscheidenden Schlacht bei Königgrätz am 3. Juli 1866. Damit war der Deutsche Bund gesprengt. Nach seiner Niederlage musste Österreich der Neuordnung der staatlichen Verhältnisse im Norddeutschen Bund zustimmen.
