Am 4. Juni 1939 gingen alle jüdischen Verbände und jüdischen Gemeinden aufgrund der 10. Verordnung zum Reichsbürgergesetz zwangsweise in der "Reichsvereinigung der Juden in Deutschland" auf. Auch alle Personen, die nach den Nürnberger Gesetzen als Juden galten, mussten ihr beitreten und Pflichtbeiträge entrichten. Diese Umorganisation stellte das Ende einer frei gewählten Vertretung und Führung der Juden in Deutschland dar, obwohl die Verwaltung und das Personal der Reichsvertretung der Juden in Deutschland, der jüdischen Gemeinden und des Präsidialrats weitgehend übernommen wurden. Der Vorstand der Reichsvereinigung wurde nicht mehr von der Vereinigung selbst gewählt und kontrolliert, sondern durch die Sicherheitspolizei (Sipo) ernannt. Aus dem 1933 gewählten Vorstand wurden Leo Baeck als Vorsitzender, Heinrich Stahl (1868-1942) als sein Stellvertreter, Otto Hirsch, Julius Seligsohn und aus der Verwaltung der Reichsvertretung Arthur Lilienthal und Paul Eppstein (1901/02-1944) berufen. Als Vertreter der jüdischen Gemeinde Berlin wurden Moritz Henschel und Philipp Kozower ernannt.
Die Reichsvereinigung stand unter Aufsicht des Reichsministerium des Inneren und unter direkter Kontrolle der Geheimen Staatspolizei (Gestapo), des Sicherheitsdiensts (SD) und ab September 1939 des Reichssicherheitshauptamts (RSHA). Ihr wurde die Verantwortung für die Organisation und Finanzierung der jüdischen Wohlfahrtspflege und des jüdischen Schulwesens übertragen. Neben weiteren Aufgaben wie der jüdischen Auswanderung und der Berufsausbildung ergaben sich aufgrund der Verschärfung der antijüdischen Maßnahmen mit Beginn des Zweiten Weltkriegs neue Pflichten: Die "Gemeindeabteilung" der Reichsvereinigung war mit der Betreuung von Gemeinderesten und der Auflösung von jüdischen Gemeinden beschäftigt. Weiterhin mussten alle Sondergenehmigungen z.B. für Verkehrsmittelbenutzung über die Reichsvereinigung beantragt werden. Die Organisation einer Betreuung von jüdischen Kindern wurde notwendig, nachdem zunehmend alle arbeitsfähigen Juden zu Zwangsarbeiten herangezogen wurden.
Die NS-Behörden nutzten die Reichsvereinigung als Instrument zur Kontrolle der jüdischen Bevölkerung und zur Durchführung der "Endlösung der Judenfrage". Nach Beginn der Deportationen im Herbst 1941 musste die Reichsvertretung diese organisatorisch unterstützen. Zu ihren Aufgaben gehörte u.a. die Betreuung der Menschen in den Sammellagern, das Führen von Statistiken über die jüdischen Gemeinden und die Weitergabe von Befehlen der staatlichen Behörden. Trotz der Überwachung und der erzwungenen Kooperation mit dem NS-Staat versuchte die Reichsvereinigung unabhängige Hilfsarbeit zu leisten.
Im Juni 1942 fand eine Sonderaktion gegen den Vorstand und die Verwaltung der Reichsvereinigung mit Verhaftungen und Deportationen statt. Alle volljüdischen Angestellten mussten im März 1943 durch "in privilegierter Mischehe Lebende" ersetzt werden. Die Auflösung der Reichsvereinigung erfolgte am 10. Juni 1943. Die Geschäftsstelle in Berlin wurde geschlossen, das Vermögen beschlagnahmt und die verbliebenen fünf Mitglieder, die nicht "arisch versippt" waren, deportiert.
