Es war ein wichtiges Anliegen der Nationalsozialisten, die angeblich rassische Überlegenheit des "arischen Menschen" wissenschaftlich nachzuweisen. Zu diesem Zweck gründete der Reichsführer der Schutzstaffel (SS) Heinrich Himmler unter Beteiligung des Reichsbauernführers Richard Walther Darré 1935 die "Studiengesellschaft für Geistesurgeschichte 'Deutsches Ahnenerbe´ e.V.". Der Verein diente zunächst der Unterstützung und Finanzierung der Forschungstätigkeiten des niederländischen Privatgelehrten Herman Wirth (1885-1981), der so seine mythischen deutsch-völkischen Theorien wissenschaftlich zu untermauern suchte. Vor der Machtübernahme der Nationalsozialisten am 30. Januar 1933 war ihm eine reguläre Universitätskarriere aufgrund seiner zweifelhaften Forschungsmethoden verwehrt geblieben.
Der wissenschaftsbegeisterte Himmler war von Anfang an bemüht, dem "Ahnenerbe" einen seriösen Anstrich zu geben. Da Wirth sich als fachlich nicht tragbar erwies, wurde er 1937 im Zuge der Umbenennung in "Forschungs- und Lehrgemeinschaft das Ahnenerbe e.V." aus diesem hinausgedrängt. Als neuen Präsidenten berief Himmler den akademisch etablierten Münchner Indogermanisten Walther Wüst. Um die "geistige Weltherrschaft des arischen Germanentums" nachzuweisen, forschten Hunderte Wissenschaftler im Auftrag des "Ahnenerbe" zur germanischen Vorgeschichte und deutschen Volkskunde. Forschungsprojekte wie "Wald und Baum in der arisch-germanischen Geistes- und Kulturgeschichte" hatten die Aufgabe, die Existenz einer seit Jahrtausenden bestehenden germanischen Religion zu belegen. Insbesondere sollten Himmlers religionspolitische Bemühungen unterstützt werden, das "artfremde" Christentum durch einen "arteigenen" Glauben zu ersetzen. Finanzielle Unterstützung für die Projekte kam dabei von staatlichen Stellen und der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG). Mit der Forschung im Dienste der NS-Ideologie sollte nicht nur eine völkische Geschichtsauffassung in der Bevölkerung verbreitet, sondern auch die weitere weltanschauliche und organisatorische Ausgestaltung der SS unterstützt werden.
Dabei übernahm die Organisation, die unter ihrem Geschäftsführer Wolfram Sievers (1905-1948) strukturell immer stärker in die SS integriert wurde, auch die Aufgabe eines kulturpolitischen Überwachungsinstruments. Das "Ahnenerbe" war außerdem hochschulpolitisch aktiv, um die Universitäten Schritt für Schritt mit ideologisch der Forschungsgemeinschaft verbundenen Wissenschaftlern zu besetzen. Andere konkurrierende Forschungseinrichtungen wurden "gleichgeschaltet" und ihre Archive, Sammlungen und Bibliotheken beschlagnahmt. Im "Ahnenerbe Stiftungs-Verlag" erschien neben wissenschaftlichen und populären Publikationen auch die Zeitschrift "Germanien. Monatshefte für Germanenkunde zur Erkenntnis deutschen Wesens".
Mit Beginn des Zweiten Weltkriegs verlagerte sich der Tätigkeitsbereich der Forschungsgemeinschaft. Neben dem erfolglosen Versuch, Wissenschaftler in den besetzten "germanischen" Gebieten wie den Niederlanden oder Norwegen für den "germanischen Wissenschaftseinsatz" zu gewinnen, beteiligte sich die Organisation am Kunstraub in den eroberten Ländern und an Umsiedlungsaktionen so genannter Volksdeutscher. Der Schwerpunkt der Forschungen verlagerte sich im Rahmen der Autarkie- und Kriegswirtschaft auf die Naturwissenschaften. So kam es unter anderem zu Projekten zur alternativen Rohstoffproduktion wie etwa der Ölschiefergewinnung. Auch medizinische Versuche an Menschen in Konzentrationslagern (KZ) lag durch das "Institut für wehrwissenschaftliche Zweckforschung" in der Verantwortung des "Ahnenerbes". So experimentierte Sigmund Rascher (1909-1945) im KZ Dachau unter anderem im Auftrag der Luftwaffe mit Unterdruck und Unterkühlung an fast 500 Häftlingen, wovon etwa die Hälfte an den Folgen starb. Im KZ Natzweiler-Struthof erprobte der Anatom August Hirt (1898-1945) Kampfgase an Menschen und tötete über 80 gezielt ausgesuchte Häftlinge, um für die "Reichsuniversität Straßburg" eine Skelettsammlung anzulegen.
Das im Frühjahr 1942 als "Amt A" in das "Hauptamt Persönlicher Stab, Reichsführer-SS" eingegliederte "Ahnenerbe" erreichte seine größte Ausdehnung 1943/44 mit über 40 wissenschaftlichen Abteilungen. Ihren Monopolanspruch hinsichtlich Forschung, weltanschaulicher Schulung und wissenschaftspolitischer Steuerung konnte die Organisation im Kompetenzgewirr des NS-Staats jedoch nicht durchsetzen. Zuständigkeitskonflikte gab es immer wieder, sowohl innerhalb der SS selbst als auch mit Parteiämtern und staatlichen Behörden. Gegen Kriegsende regierte damit im "Ahnenerbe" der SS das für den NS-Staat typische organisatorische Chaos.
Der Nürnberger Militärgerichtshof erklärte das "Ahnenerbe" im Gegensatz zur SS nicht als verbrecherische Organisation. Nur Geschäftsführer Wolfram Sievers wurde im Nürnberger Ärzteprozess wegen seiner Mitverantwortung für die Menschenversuche zum Tode verurteilt und 1948 hingerichtet.