Während der Herrschaft der Nationalsozialisten in Deutschland zwischen 1933 und 1945 fand die stärkste Verfolgung von Homosexuellen in der deutschen Geschichte statt. Über 50.000 Männer verurteilte die NS-Justiz. 10.000 bis 15.000 schwule Männer kamen in Konzentrationslager (KZ). Tausende von ihnen überlebten die Gefangenschaft nicht. Weibliche Homosexualität war nur in Österreich strafbar, trotzdem waren auch lesbische Frauen, zwar in weit geringerem Ausmaß und oft in Kombination mit anderen Gründen, von nationalsozialistischer Verfolgungspolitik betroffen.
Bald nach dem Machtantritt der Nationalsozialisten im Januar 1933 setzten Verfolgungsmaßnahmen gegen Homosexuelle ein: Lokale der schwulen und lesbischen Subkultur wurden geschlossen, ihre Zeitschriften verboten. Im Mai 1933 plünderte die Sturmabteilung (SA) das 1918 von Magnus Hirschfeld (1868-1935) gegründete Institut für Sexualwissenschaft. Sein Institut geriet allerdings nicht nur wegen dessen Bedeutung für die homosexuelle Emanzipationsbewegung, sondern auch wegen Hirschfelds liberaler sexualpolitischen Haltung und der Tatsache, dass er jüdisch war, ins Fadenkreuz der Nationalsozialisten. Die Zerstörung und anschließende Verbrennung der Bücher Hirschfelds zeigen exemplarisch die Verschränkung von Verfolgungsgründen in der NS-Zeit. Gerade in der Anfangszeit traf der Terror besonders Homosexuelle, die etwa auch aus antisemitischen oder politischen Gründen verfolgt wurden.
Katalysator für eine Intensivierung der Repression gegen homosexuelle Männer war die Ermordung des SA-Stabschefs Ernst Röhm im Juli 1934. Diese wurde öffentlich mit angeblichen Putschplänen der SA und mit deren "moralischen Verkommenheit" gerechtfertigt - zahlreiche Führer der SA seien schwul, allen voran Röhm selbst. Dessen Homosexualität war lange vorher bekannt, spielte aber bis zu dem Zeitpunkt, als die Machtambitionen der SA zu groß wurden, keine entscheidende Rolle. Die Zahl der Denunziationen von schwulen Männern stieg in der Folge an, gleichzeitig leiteten die Polizeibehörden nun vermehrt Verfolgungsmaßnahmen in die Wege - wenn auch regional auf sehr unterschiedlichem Niveau. Auch lesbische Frauen wurden wegen ihrer "abweichenden" Sexualität denunziert und gerieten in den Fokus der Polizei. Juristisch belangt werden konnten sie deswegen nicht, da homosexuelle Handlungen zwischen Frauen nicht unter Strafe standen. Weibliche Sexualität wurde nicht ernst genommen und galt als weniger bedrohlich für die Gesellschaft. In Strafprozessen, die eigentlich andere Delikte zum Gegenstand hatten, finden sich aber zum Teil auch Hinweise auf lesbische Sexualität.
Homosexuelle Handlungen standen bereits vor 1933 unter Strafe, festgeschrieben in Paragraph 175 des Reichsstrafgesetzbuches von 1871. Dieser Paragraph war Teil der so genannten "Straftaten gegen die Sittlichkeit". Darunter fielen sexuelle Handlungen, die der gesellschaftlichen Norm - heterosexueller Geschlechtsverkehr zwischen Eheleuten - widersprachen. Paragraph 175 stellte unter anderem "widernatürliche Unzucht" zwischen Männern unter Strafe. Als strafwürdig galten allerdings nur "beischlafähnliche Handlungen" wie Anal- oder Oralverkehr.
Die Nationalsozialisten verschärften 1935 die Strafvorschriften massiv, weiteten die mit Strafe bedrohten Handlungen exzessiv aus und führten Paragraph 175a ein. Nun waren nicht mehr nur "beischlafähnliche Handlungen" verboten, sondern alle "unzüchtigen Handlungen" zwischen Männern. Das hatte weitreichende Folgen, schon Blicke konnten Bestrafung nach sich ziehen. Die Ausdehnung der Strafbarkeit auf Frauen war vorab diskutiert worden, ihre Befürworter setzten sich aber nicht durch. Auch hier stand der Gedanken im Vordergrund, dass lesbische Sexualität der "Volksgemeinschaft" keinen großen Schaden zufügen könne, da lesbische Frauen nicht dauerhaft der Reproduktion entzogen seien. Weibliche Sexualität nahm man nach wie vor nicht ernst. Anders war die Situation in Österreich: Paragraph 129 Ib des Strafgesetzbuches von 1852 stellte "Unzucht" zwischen Personen des gleichen Geschlechtes unter Strafe und unterschied dabei nicht zwischen Männern und Frauen. Dies galt auch 1938 nach dem "Anschluss" Österreichs weiter. Die Verfolgungsintensität war allerdings bei Frauen geringer. In Wien waren beispielsweise nur fünf Prozent der zwischen 1938 und 1945 Verurteilten Frauen.
Insgesamt verurteilten Strafgerichte zwischen 1933 und 1945 rund 50.000 Männer wegen homosexueller Handlungen. Höhepunkt der Strafverfolgung waren die Jahre 1936 bis 1939, in denen rund 30.000 Männer verurteilt wurden. Auch die Höhe der Strafen nahm drastisch zu - in diesem Zeitraum verhängten Gerichte hauptsächlich Freiheitsstrafen. Im Krieg sank die Zahl der Verurteilungen vor zivilen Strafgerichten wieder, blieb aber trotzdem höher als vor der Strafrechtsverschärfung 1935. Kriegsgerichte fällten zusätzlich knapp 6.500 Urteile.
Neben die gerichtliche Strafverfolgung traten polizeilichen Sanktionen, die oftmals weitreichendere Folgen als die Verurteilung eines Gerichtes haben konnten.
Bereits seit 1933 konnten politische Gegner sowie aus antisemitischen, rassistischen oder sonstigen Gründen stigmatisierte und verfolgte Menschen zeitlich unbefristet von der Geheimen Staatspolizei (Gestapo) in "Schutzhaft" in KZ eingewiesen werden. 1937 kam die polizeiliche "Vorbeugehaft" dazu. Im Juli 1940 verfügte eine Anweisung des Reichssicherheitshauptamtes (RSSHA), dass Männer, die mehr als einen Mann "verführt" hätten, unmittelbar nach ihrer Entlassung aus dem Strafvollzug automatisch zur polizeiliche Vorbeugehaft in ein KZ verbracht werden sollten. 10.000 bis 15.000 Männer sperrten die Nationalsozialisten in KZ. Die Sterblichkeitsrate dieser mit dem rosa Winkel gekennzeichneten Häftlinge war extrem hoch, tausende überlebten die von Willkür und Brutalität geprägte Haft nicht oder wurden ermordet. Während des Krieges, als immer mehr rassistisch Verfolgte aus den besetzten Gebieten eingewiesen wurden, nahm der Anteil der homosexuellen Insassen ab.
Die Erforschung des Schicksals lesbischer KZ-Insassinnen ist kompliziert, da es keine eigene Häftlingskategorie gab. Wenn sie inhaftiert waren, dann unter anderen Kategorien, zum Beispiel als "Asoziale". Darunter subsummierten die Nationalsozialisten diverse unerwünschte Verhaltensweisen, was ihnen große Verfolgungsspielräume bot: Bedroht waren beispielsweise Obdachlose, Prostituierte oder Frauen, die durch einen "unsittlichen Lebenswandel" auffielen.
1935 erweiterten die Nationalsozialisten das bereits 1933 erlassenen "Gesetz zur Verhütung erbkranken Nachwuchses". Bereits verurteilte homosexuelle Männer konnten sich nun als kriminaltherapeutische Maßnahme "freiwillig" kastrieren lassen. Das Wort "freiwillig" spottet der tatsächlichen Situation - angesichts drohender Inhaftierungen im KZ.
1936 gründete Heinrich Himmler, Reichsführer SS und Chef der Deutschen Polizei die "Reichzentrale zu Bekämpfung von Homosexualität und Abtreibung". Ihre Hauptaufgabe war die Sammlung von Daten, unter anderem zu homosexuellen Männern, um eine gezielte und koordinierte Verfolgung durch Kriminalpolizei und Gestapo gewährleisten zu können. Die Daten zehntausender Männer wurden gespeichert. Insgesamt leiteten die Strafverfolgungsbehörden in der NS-Zeit rund 100.000 Ermittlungsverfahren ein.
Die Gründe für die nationalsozialistische Homosexuellenverfolgung liegen auch in einer Sicht auf homosexuelle Männer als "verweichlicht" und "weibisch". In einem Staat, der grundlegend auf Männerbünden fußte - HJ, SA, SS, Wehrmacht - bedeutet das eine Bedrohung der Wehrkraft und des Fortbestandes des "Volkes". Im Krieg reagierten die Nationalsozialisten daher auch mit speziellen Erlassen: 1941 erging der "Erlass des Führers zur Reinhaltung von SS und Polizei", wonach homosexuelle Handlungen von SS- und Polizeiangehörigen mit der Todesstrafe geahndet werden sollten. Exekutionen wurden auf dieser Grundlage vermutlich nur selten vollstreckt, der Erlass sollte jedoch abschrecken. 1943 regelte ein Erlass das gleiche für die Wehrmacht.
Mit dem Ende der nationalsozialistischen Herrschaft endete zwar der NS-Terror gegen Homosexuelle, doch der verschärfte Paragraph 175 blieb in der Bundesrepublik und der DDR zunächst weiterhin in Kraft. Erst 2002 rehabilitierte der Bundestag die von der NS-Justiz Verurteilten.