Nach Monaten der Krise und von Adolf Hitler provozierten Kriegsgefahr schlossen am 30. September 1938 Großbritannien, Frankreich, Italien und das Deutsche Reich das Münchner Abkommen, in dem die Abtretung des Sudetengebietes, das mehrheitlich von der deutschen Minderheit des Landes bewohnt war, durch die Tschechoslowakei an Deutschland festgelegt wurde. Hitler setzte sich vor allem dank der ständigen Beteuerungen durch, dies sei seine letzte territoriale Forderung. Ein militärischer Überfall des Deutschen Reiches auf die Tschechoslowakei hätte den Bündnisfall und damit den Kriegseintritt Großbritanniens und Frankreichs ausgelöst. Vor allem Großbritannien glaubte, durch das Abkommen den Frieden in Europa gesichert zu haben, während Hitler seine Kriegsvorbereitungen unbeirrt fortsetzte.
Wichtige tschechische Verkehrsadern wurden durch die neue Grenze zerschnitten, ein Gebiet mit 690.000 tschechischen Einwohnern, auch in rein tschechischen Ortschaften, wurde dem Deutschen Reich eingegliedert. 400.000 Tschechinnen und Tschechen verließen daraufhin ihre Wohnorte. Sämtliche Verteidigungsanlagen und Bunker in Richtung Deutschland lagen im abzutretenden Gebiet. Es umfasste circa 22.500 km² und verlief entlang der Grenze des Deutschen Reiches – inklusive Österreichs – mit der Tschechoslowakei.
Bereits am 1. Oktober begann unter General Wilhelm Ritter von Leeb der Einmarsch von Wehrmachtseinheiten in die erste der fünf festgesetzten Zonen. Der genaue Grenzverlauf zwischen dem Deutschen Reich und der Tschechoslowakei stand noch nicht fest. Er wurde am 7. Oktober durch einen Internationalen Ausschuss ohne tschechoslowakische Vertreter bestimmt. Am 10. Oktober war die Besetzung der letzten Zone - wie im Münchner Abkommen vorgesehen - beendet. Die massive Propaganda, die den Einmarsch im Deutschen Reich begleitete, stellte ihn in eine Reihe mit den vorherigen Erfolgen von Hitlers Außenpolitik wie der "Heimkehr der Saar" und dem "Anschluss" Österreichs.
Die meisten der knapp drei Millionen Sudetendeutschen begrüßten die Wehrmachtstruppen begeistert. Am 3. Oktober überschritt Hitler die ehemalige Staatsgrenze und wurde in Eger (Cheb) bejubelt. Dass die deutsche Minderheit seit der Gründung des tschechoslowakischen Staates am 28. Oktober 1918 benachteiligt worden und die Arbeitslosigkeit in den Jahren der Weltwirtschaftskrise unter ihr überdurchschnittlich hoch war, hatte die Zustimmung zur deutschen Annexion vergrößert. Die bis Mitte der 1930er Jahre unter den Sudetendeutschen noch dominierenden demokratischen Parteien waren hingegen bedeutungslos geworden.
In den Jahren seit der nationalsozialistischen Machtübernahme 1933 hatten sich zahlreiche deutsche Gegner des NS-Regimes, sowie Jüdinnen und Juden in das Sudetengebiet geflüchtet. Nur einem Teil der einheimischen Regimegegner wie der deutschen Exilanten gelang die Flucht ins Innere der „Rest-Tschechoslowakei“. Der Wehrmacht folgende Einsatzgruppen der Gestapo verhafteten mit Hilfe des „Sudetendeutschen Freikorps“ Tausende Menschen.
Aus den nördlichen annektierten Gebieten entstand der „Reichsgau Sudetenland“ mit dem Reichskommissar Konrad Henlein. Die übrigen von der Tschechoslowakei abgetretenen Gebiete wurden den benachbarten Gauen (Bayerische Ostmark, Oberdonau, Niederdonau, Schlesien) des Deutschen Reichs zugeschlagen. Überall begann nun auch die Erfassung der Bevölkerung durch NS-Organisationen und die Zerschlagung bisheriger Verbände. Parteien wurden verboten oder, wie Henleins Sudetendeutsche Partei (SdP), in die NSDAP eingegliedert, die Presse unter staatliche Kontrolle gebracht.
