Wenige Wochen nach ihrer Machtübernahme leiteten die Nationalsozialisten einen Prozess der Gleichschaltung ein, in dem auch die traditionelle Selbständigkeit der Länder beseitigt wurde. Das Ziel dieser Maßnahme war die Entfernung aller regimekritischen Minister und Landtagsabgeordneten aus ihren Positionen sowie eine strikte Zentralisierung aller staatlichen Machtbefugnisse. In Preußen wurde die Gleichschaltung früher als in allen anderen Ländern vollzogen. Seit seinem Staatsstreich vom 20. Juli 1932 fungierte im größten und bevölkerungsreichsten Land des Deutschen Reichs Franz von Papen als Reichskommissar. Durch die Notverordnung "Zur Herstellung geordneter Regierungsverhältnisse in Preußen" vom 6. Februar 1933 wurde der Landtag aufgelöst. Alle demokratischen Ministerialbeamten, Regierungs- und Polizeipräsidenten, die dem Preußenschlag noch nicht zum Opfer gefallen waren, wurden ihrer Ämter enthoben. Die Verfügungsgewalt über Polizei und Verwaltung lag beim kommissarischen preußischen Innenminister Hermann Göring. Eine von ihm aufgestellte, mehrheitlich aus Angehörigen der Sturmabteilung (SA) und Schutzstaffel (SS) bestehende, 50.000 Mann starke Hilfspolizei verfolgte politische Gegner rigoros.
Die Gleichschaltung der Länder und Hansestädte, in denen die NSDAP noch nicht an der Regierung war, verlief durch gewaltsame Aktionen auf der Straße "von unten" und durch administrative Maßnahmen der Reichsregierung "von oben". Bei ihren Massenaufmärschen provozierten Nationalsozialisten gezielt Unruhen und besetzten Verwaltungsgebäude und Rathäuser. Die Reichsregierung nahm dies zum Anlass, "zur Wiederherstellung der öffentlichen Sicherheit und Ordnung" in die Befugnisse der Länder einzugreifen. Unter Berufung auf die Reichstagsbrandverordnung setzte sie die Landesregierungen kurzerhand ab und ernannte anstatt ihrer Reichskommissare, zumeist Spitzenvertreter der NSDAP oder SA.
Begonnen hatten die Aktionen in Hamburg am Abend der Reichstagswahl vom 5. März 1933. Einen Tag später folgten Lübeck, Bremen und Hessen, am 8. März Württemberg, Baden, Sachsen und Schaumburg-Lippe und zuletzt Bayern, wo sich heftiger Widerstand regte. Als der bayerische Ministerpräsident Heinrich Held sich dem Druck der Nationalsozialisten nicht beugte und sich weigerte, Franz Ritter von Epp als Reichskommissar zu akzeptieren, verfügte Innenminister Wilhelm Frick am 9. März 1933 die Ernennung Epps von Berlin aus. Nachdem Helds Protest gegen seine unrechtmäßige Entmachtung bei Reichspräsident Paul von Hindenburg kein Gehör fand, trat er unter dem Druck zunehmender Gewalt in Bayern zurück.
Legislativer Abschluss der Maßnahmen war am 31. März 1933 das "Vorläufige Gesetz zur Gleichschaltung der Länder mit dem Reich", welches sieben Tage später um das "Zweite Gesetz" erweitert wurde. Auf Länderebene zielten sie auf die politische Ausschaltung aller Minister, Abgeordneten und höheren Staatsbeamten, die nicht der NSDAP angehörten.
Das "Vorläufige Gesetz" erlaubte den Landesregierungen gemäß dem Ermächtigungsgesetz, ohne Zustimmung der Landtage selbst verfassungsändernde Gesetze zu erlassen und die Landesverwaltungen neu zu organisieren. Gleichzeitig bestimmte es mit Ausnahme Preußens die Auflösung der Landtage und eine Neubesetzung nach den Ergebnissen der Reichstagswahl vom 5. März.
Durch das "Zweite Gesetz" wurden in den Ländern Reichskanzler Adolf Hitler persönlich unterstellte Reichsstatthalter, in der Mehrzahl die NSDAP-Gauleiter, eingesetzt, die für die Durchführung der Politik der Reichsregierung sorgen sollten. Sie waren den Landesregierungen übergeordnet und hatten als Aufsichtsorgan diese zu beaufsichtigen.
Letzte Strukturen des föderalen Staatsaufbaus beseitigte das "Gesetz über den Neuaufbau des Reiches" vom 30. Januar 1934, welches die Länderparlamente aufhob. Hoheitsrechte der Länder fielen an das Reich. Die Landesregierungen wurden der Reichsregierung unterstellt. Mit der Auflösung des Reichsrats zwei Wochen später fand die Errichtung der von den Nationalsozialisten propagierten "Einheit des Reiches" ihren Abschluss.