Nach der "Zerschlagung der Rest-Tschechei" verkündete Adolf Hitler am 16. März 1939 auf der Prager Burg die Errichtung des "Reichsprotektorats Böhmen und Mähren" als Bestandteil des "Großdeutschen Reichs". Es umfasste ein Gebiet von rund 49.000 Quadratkilometern mit circa 7,5 Millionen Einwohnern, von denen etwa 250.000 als Angehörige der deutschen Minderheit die reichsdeutsche Staatsangehörigkeit erhielten. Seine auswärtigen Beziehungen wurden vom Deutschen Reich wahrgenommen. Der zum Reichsprotektor ernannte Konstantin Freiherr von Neurath als Repräsentant des Deutschen Reichs war Hitler direkt unterstellt und konnte nur von ihm Weisungen entgegennehmen.
Die Organisation des Protektorats erfolgte durch eine formell autonome tschechische Verwaltung. Staatsoberhaupt blieb der von der tschechoslowakischen Nationalversammlung Ende November 1938 gewählte Staatspräsident Emil Hácha (1872-1945). Der Protektoratsregierung standen im März/April 1939 Rudolf Beran (1887-1954), von April 1939 bis September 1941 Alois Eliáš (1890-1942), von Januar 1942 bis Januar 1945 Jaroslav Krejčí (1892-1956) und für wenige Wochen 1945 Richard Bienert (1881-1949) vor. Die Regierung durfte ihre Hoheitsrechte nur im Einklang mit den politischen, militärischen und ökonomischen Interessen Deutschlands ausüben, die der Reichsprotektor überwachte. Er besaß gegenüber der Protektoratsregierung unbegrenzte Eingriffsmöglichkeiten und konnte deren Gesetze jederzeit aufheben. Seine Macht wurde im Verlauf des Zweiten Weltkriegs noch dadurch verstärkt, dass Schlüsselfunktionen der Verwaltung von Deutschen besetzt wurden. Im August 1943 übernahm das neu geschaffene Deutsche Staatsministerium für Böhmen und Mähren unter Karl Hermann Frank (1898-1946) weitgehend die Aufgaben des Reichsprotektors.
Die hochgerüstete tschechoslowakische Armee wurde nach dem deutschen Einmarsch aufgelöst. Ihre Waffen füllten die Bestände der Wehrmacht und fanden wenige Monate später beim deutschen Überfall auf Polen Verwendung. Die tschechische Industrie mit einem starken militärischen Sektor, eine qualifizierte Arbeiterschaft und die günstige geographische Lage außerhalb der Reichweite alliierter Bomber boten dem NS-Regime optimale Bedingungen für ihre Kriegsproduktion.
Die dringend benötigte tschechische Bevölkerung sollte durch eine gesicherte Nahrungsmittelversorgung und Gesundheitsfürsorge zur Zusammenarbeit mit den deutschen Besatzern gewonnen werden. Auf der anderen Seite waren die Menschen Repressions- und Terrormaßnahmen der deutschen und mit ihnen kollaborierenden tschechischen Sicherheitsbehörden ausgeliefert. Im Gestapo-Gefängnis in der „Kleinen Festung Theresienstadt“ (Terezín) – ein Fort vor den Toren der gleichnamigen Garnisonsstadt, die Ende 1941 in ein jüdisches Ghetto umgewandelt wurde – wurden insgesamt 32.000 Menschen inhaftiert. Mindestens 38.000 Tschechen, insbesondere Kommunisten sowie Unterstützer der tschechoslowakischen Exilregierung in London unter Edvard Beneš (1884-1948) fielen dem deutschen Terror zum Opfer. Auch zahlreiche deutsche Emigranten, die in der Tschechoslowakei Zuflucht gefunden hatten, wurden verhaftet und in Konzentrationslager (KZ) verschleppt.
Die im Deutschen Reich geltenden antijüdischen Regelungen wurden auch im Protektorat umgesetzt. Jüdinnen und Juden verloren ihre Arbeit, wurden ihres Eigentums beraubt und ab Herbst 1941 in Ghettos und KZs deportiert, die meisten wurden zuerst ins Ghetto Theresienstadt (Terezín) gebracht. Von den etwa 118.000 jüdischen Bewohnern des Protektorats konnten 30.000 legal oder illegal fliehen, 69.000 wurden ermordet. Fast die Hälfte der 6500 im Protektorat lebenden Sinti und Roma wurde 1942 in den beiden von der tschechischen Protektoratspolizei verwalteten „Zigeunerlagern“ Lety u Pisku und Hodonín u Kunštatu interniert. Ende des Jahres begann die Deportation aller Sinti und Roma aus dem Protektorat ins KZ Auschwitz, das nur etwa 500 Menschen überlebten.
Zum Synonym für den von Deutschen ausgeübten Terror und zum Symbol der verhassten Fremdherrschaft wurde Reinhard Heydrich. Ab September 1941 führte Heydrich für Neurath die Geschäfte des Reichsprotektors, da dieser nach Ansicht Hitlers nicht rigoros genug gegen den erstarkenden tschechischen Widerstand vorgegangen war. Schon kurz nach der deutschen Besetzung 1939 war ein dichtes Netz von Organisationen entstanden, die vor allem nachrichtendienstliche Tätigkeiten übernahmen, illegale Zeitungen veröffentlichten und Streiks organisierten. Mit harter Unterdrückung wie Massenhinrichtungen, aber auch mit der Ankündigung der Verbesserung der Lebensumstände versuchte Heydrich, die tschechische Oppositionsbewegung zu brechen.
Währenddessen entschied die tschechoslowakische Exilregierung in London, Heydrich töten zu lassen. Jan Kubiš (1913-1942) und Jozef Gabčík (1912-1942) verübten am 27. Mai 1942 in Prag ein Attentat auf Heydrich, an dessen Folgen er starb. Die Vergeltung der Deutschen war grausam. Angehörige der Geheimen Staatspolizei (Gestapo), des Sicherheitsdienstes (SD) und der Schutzpolizei ebneten auf Befehl von Karl Hermann Frank die Dörfer Lidice und Ležáky ein, in denen Mitattentäter vermutet wurden. "This is Nazi brutality", mit Plakaten wie diesem prangerten die Alliierten das Massaker von Lidice an, bei dem 173 männliche Einwohner erschossen, 81 Kinder in Gaswagen im Vernichtungslager Chelmno ermordet, sowie über 200 Frauen ins KZ Ravensbrück verschleppt wurden.
Bis Kriegsende kam es immer wieder zu Widerstandshandlungen. In Mähren konnten sich in den letzten beiden Kriegsjahren Partisaneneinheiten halten. Öffentliche Bekanntmachungen mit den Namen hingerichteter Saboteure wurden zur Abschreckung überall im Protektorat aufgehangen. Am 5. Mai 1945 begann in Prag ein Aufstand gegen die deutschen Besatzer, an dem sich bis zur deutschen Kapitulation am 8. Mai circa 30.000 meist schlecht bewaffnete Prager beteiligten.
