Die Wehrmacht führte den Krieg in Polen vom ersten Tag an mit grausamer Härte. Bereits auf dem Vormarsch ermordeten deutsche Truppen, aber auch spezielle Mordkommandos der Polizei und der SS eine große Zahl polnischer Zivilisten und Kriegsgefangener. Die Einsatzgruppen und der "Volksdeutsche Selbstschutz" setzten die von den Nationalsozialisten angestrebte "Vernichtung der polnischen Intelligenz" in die Tat um. Sie ermordeten nach vorbereiteten Listen Tausende Intellektuelle, Politiker, Geistliche, Lehrer, Ärzte - aber auch Arbeiter und Gewerkschafter. Allein bis Ende 1939 wurden rund 60.000 Angehörige der polnischen Führungsschicht ermordet.
Als Inhaber der vollziehenden Gewalt in Polen trug die Wehrmacht bis zum 26. Oktober 1939 die Verantwortung für die Besatzungsverbrechen. Insbesondere aus den Reihen höherer Offiziere kam zwar immer wieder Kritik am Vorgehen der Einsatzgruppen, die Wehrmachtführung hielt ein brutales Durchgreifen aber für notwendig, um die von der NS-Führung geplante Eroberung von "Lebensraum im Osten" umzusetzen.
Am 17. September 1939 war gemäß der Geheimvereinbarung im "Hitler-Stalin-Pakt" auch die Rote Armee in Polen eingefallen. Damit war die erneute Teilung des Landes besiegelt, die Republik Polen wurde zerschlagen. Das NS-Regime gliederte Teile des von der Wehrmacht eroberten Gebietes als Reichsgaue "Wartheland" und "Danzig-Westpreußen" in das Deutsche Reich ein. Schlesien und Ostpreußen wurden um polnische Gebiete erweitert. Das übrige von Deutschland besetzte Gebiet - mit Krakau, Warschau, Radom und Lublin - wurde zum sogenannten Generalgouvernement zusammengefasst. Die Zivilverwaltung dort übernahm der Generalgouverneur Hans Frank. Das entstehende rücksichtslose Besatzungsregime trug maßgeblich seine Handschrift: Er war mitverantwortlich für Zwangsarbeit, Menschenverschleppung sowie für die Ermordung der polnischen Führungsschicht. Doch die entscheidenden Befugnisse besaß der Reichsführer der Schutzstaffel (SS), Heinrich Himmler: Sein Höherer SS-und Polizeiführer war der eigentliche Herrscher im "Generalgouvernement". Dem Höheren SS- und Polizeiführer Friedrich-Wilhelm Krüger (1894-1945) unterstanden von Oktober 1939 bis November 1943 sämtliche SS- und Polizeidienststellen im "Generalgouvernement". Zwar blieb der SS-Obergruppenführer und General der Polizei formal dem Generalgouverneur Hans Frank unterstellt, doch tatsächlich war Krüger nur seinem Vorgesetzten Himmler verantwortlich und in führender Position hauptverantwortlich für Besatzungsterror und Vernichtungspolitik.
Die deutschen Besatzer stellten in Polen schnell ein Klima von Angst und Uneinschätzbarkeit her, ein Menschenleben galt wenig. Besatzungsterror, Willkür und Enteignungen gehörten für die ihrer Rechte beraubten Polen in den annektierten Gebieten sowie im "Generalgouvernement" zum Alltag. Mit einer Flut von Anordnungen und Verboten reglementierten die deutschen Besatzer das Leben der polnischen Bevölkerung. Widerstandsaktionen ahndeten die Besatzer mit der Todesstrafe, die zumeist auch schon bei kleineren Vergehen verhängt wurde.
Der Terror in Polen richtete sich in besonderem Maße auch gegen die jüdische Bevölkerung: Juden wurden öffentlich gedemütigt und gequält, Synagogen entweiht und zerstört, jüdische Wohngebiete geräumt und ihre Bewohner insbesondere nach 1940 in Ghettos zusammengepfercht. Morde waren an der Tagesordnung. Diese Aktionen bildeten den Auftakt für die 1941 einsetzende systematische Ermordung der Juden in Polen.
Das von vielen Deutschen als rückständig beurteilte polnische Nachbarland mit seiner als "minderwertig" angesehenen slawischen Bevölkerung wurde während des gesamten Zweiten Weltkrieges rücksichtslos ausgebeutet. Die deutschen Besatzer raubten und zerstörten einen Großteil der polnischen Kultur- und Wirtschaftsgüter. Mit dem Vernichtungskrieg gegen die Sowjetunion ab Sommer 1941 erfuhren Mord und Terror im besetzten Polen eine weitere Radikalisierung. Der nationalsozialistische Rassenwahn richtete sich gegen die slawische Bevölkerung Osteuropas in ihrer Gesamtheit. Sie hatte durch Massenmord, Hungertod oder Seuchen den Verlust vieler Millionen Menschen zu beklagen. Im Verhältnis zur Bevölkerungszahl hatte Polen die höchste Opferrate: Fünf bis sechs Millionen Tote entsprachen bis zu 17 Prozent der Vorkriegsbevölkerung Polens.
