Mit Beginn des Krieges galt das Hauptinteresse der NS-Innen- und Gesellschaftspolitik dem Bemühen, dem Großteil der Bevölkerung nur mäßige Opfer abzuverlangen und eine Normalität aufrechtzuerhalten. Ständige Überwachung und die allgegenwärtige NS-Propaganda prägten jedoch das Alltagsleben der Deutschen. Gegenüber "Staatsfeinden" und "Minderwertigen" verschärften sich der Terror und die Rassenpolitik erheblich. Im Deutschen Reich sollte die Polizei die innere Sicherheit mit allen Mitteln aufrechterhalten. Dazu wurden neue Straftatbestände geschaffen und bestehende verschärft. Verhaftungen und Einweisungen in Konzentrationslager (KZ) nahmen ab September 1939 sprunghaft zu. In der Öffentlichkeit mussten deutsche Frauen und "fremdvölkische" Männer Demütigungen ertragen, denen "Rassenschande" vorgeworfen wurde.
Das Konzentrationslagersystem
Im Verlauf des Zweiten Weltkriegs wurde das Territorium des Deutschen Reichs durch Besetzungen und Eingliederungen erheblich erweitert. Bei Kriegsende war das Reichsgebiet in 42 Gaue unterteilt. Im Osten entstanden nach dem deutschen Überfall auf Polen die neuen Gaue "Danzig-Westpreußen" und "Wartheland". Im Westen erfolgten nach der erfolgreichen deutschen Westoffensive zwar nicht staatsrechtliche, jedoch De-facto-Anschlüsse des Elsass an den Gau Baden, Lothringens an den Gau Westmark sowie Luxemburgs an den Gau Koblenz-Trier. Oberste Behörde für die unter Zivilverwaltung stehenden besetzten sowjetischen Gebiete während des Krieges gegen Sowjetunion war ab dem 17. Juni 1941 das "Reichsministerium für die besetzten Ostgebiete" unter Leitung von Alfred Rosenberg. Das Ministerium war in den beiden ihm unterstehenden Reichskommisariaten Ostland und Ukraine vor allem für die wirtschaftliche Ausbeutung zuständig. Gegenüber Heinrich Himmler verfügte Rosenberg jedoch über wenig Einfluss und Kompetenzen hinsichtlich der Behandlung der besetzten Gebiete. In seiner Funktion als "Reichskommissar für die Festigung deutschen Volkstums" verfolgte Himmler verbissen das Ziel einer "Germanisierung" und ethischen Neuordnung Osteuropas. In den besetzten Ostgebieten sollte mit Hilfe von "Einsatzgruppen" und Polizeibataillonen vor allem die jüdische Bevölkerung ermordet werden.
Am 25. August 1943 löste Himmler Frick zusätzlich als Innenminister ab. Als Reichsführer der Schutzstaffel (SS) und "Chef der Deutschen Polizei" verfügte Himmler seit Mitte der 1930er Jahre über eine zentrale Machtposition sowie über den gesamten Unterdrückungs- und Terrorapparat im NS-Staat. Nach Kriegsbeginn 1939 baute die SS das System der Konzentrationslager massiv aus. Im deutsch besetzten Europa gab es 1943/44 insgesamt 22 Hauptlager mit 1.200 Außenlagern. Heinrich Himmler direkt unterstellt war das am 27. September 1939 neu gebildete Reichssicherheitshauptamt (RSHA), in dem alle bisherigen Kommandostellen der Kriminalpolizei, der Geheimen Staatspolizei (Gestapo) und des parteiamtlichen Sicherheitsdiensts (SD) zusammengefasst wurden. Das RSHA entwickelte sich unter der Leitung von Reinhard Heydrich zur zentralen Schaltstelle für die Überwachung, Terrorisierung und Ermordung von Millionen Menschen im In- und Ausland.
NS-Justiz und Volksgerichtshof
Ein Netz aus zehntausenden Spitzeln und Denunzianten versorgte das RSHA mit Hinweisen und mit Berichten über die Stimmung in der Bevölkerung, aus denen anschließend die "Meldungen aus dem Reich" für die NS-Führung zusammengestellt wurden. Tatsächlich oder vermeintliche Regimegegner sowie Personen mit defätistischen Ansichten wurden konsequent verfolgt. Der Sicherheit des NS-Regimes diente auch eine Fülle von neuen Straftatbeständen, die sich im September 1939 über die deutsche Justiz ergoss und die im Sinne der "nationalsozialistischen Rechtsprechung" eine allgemeine Radikalisierung des Strafrechts zur Folge hatte. Das Hören ausländischer "Feindsender" wurde unter Androhung von Zuchthausstrafe verboten. Für eine Wiederholung der "Rundfunkverbrechen" oder für die Weiterverbreitung abgehörter Nachrichten konnte die Todesstrafe ebenso verhängt werden wie für Verstöße gegen die "Volksschädlingsverordnung". Die meisten der im Zweiten Weltkrieg von zivilen Gerichten verhängten rund 15.500 Todesurteile - von denen zwei Drittel vollstreckt wurden - gingen auf die "Verordnung gegen Volksschädlinge" zurück, die sich gegen die Ausnutzung der Kriegssituation zu Straftaten wie Plünderungen während und nach feindlichen Luftangriffen richtete. Mit Verhängung der Todesstrafe konnten auch schwere "Kriegswirtschaftsverbrechen" wie Schleichhandel, Schwarzschlachtungen oder das Horten von Lebensmitteln geahndet werden. Die Verordnung zum "Schutz der Wehrkraft" betraf Sabotageaktionen oder Beschädigung von Wehrmitteln, auch der Umgang mit Kriegsgefangenen konnte mit Gefängnis geahndet werden.
Die unter das Kriegssonderstrafrecht fallenden Verordnungen, so erklärten Reichsjustizminister Franz Gürtner und Staatssekretär Roland Freisler im Oktober 1939 den Vorsitzenden der dafür zuständigen Sondergerichte, dienten der Aufrechterhaltung der Disziplin in der Bevölkerung und der Stabilisierung der "inneren Front". Als Roland Freisler im August 1942 den Vorsitz des 1934 für Hoch- und Landesverrat ins Leben gerufenen Volksgerichtshofs vom neuen Reichsjustizminister Otto Thierack übernahm, hatte dieser bereits hunderte Todesurteile wegen "Zersetzung der Wehrkraft" oder Defätismus verhängt. Nach Freislers Amtsübernahme stieg die Anzahl der erlassenen Todesurteile sowie die Zahl von KZ-Häftlingen noch einmal sprunghaft an. Unter seiner Präsidentschaft wurde der Volksgerichtshof ab 1942 vor allem zu einem Tribunal der Rache gegenüber jeder Form des Widerstandes gegen das NS-Regime, der sich im Verlauf des Krieges sowohl in zivilen als auch militärischen Kreisen bildete.
Der Krieg gegen die "inneren Feinde"
Der Krieg führte nicht nur zu einer Verschärfung des innenpolitischen Terrors, sondern er diente auch als "Deckmantel" für die Radikalisierung rassenbiologischer Maßnahmen und schließlich für die Ermordung von Juden, Sinti und Roma, Homosexuellen und Behinderten. Die an universitären Forschungsinstitutionen angesiedelte "Erbgesundheitsforschung war in den 1930er Jahren von den Nationalsozialisten als Rassehygiene vereinnahmt worden. Sie lieferte nun die gewünschten Begründungen für die NS-Rassenpolitik. Systematisch wurde der Weg bereitet für Zwangssterilisationen und die als "Euthanasie" getarnte Ermordung unerwünschter "Ballastexistenzen". In einem auf den 1. September 1939 zurückdatierten Brief befahl Adolf Hitler Ende Oktober 1939 die "Euthanasie" kranker und behinderter Menschen. Bis zum offiziellen Stop der Massenmorde im August 1941 fanden rund 70.000 von den Nationalsozialisten als "Defektmenschen" und "Ballastexistenzen" titulierte Menschen durch Injektionen, Tabletten, Vergasung oder Erschießung den Tod. Die Tötungsaktionen, die der Bischof von Münster, Clemens August Graf von Galen, im August 1941 öffentlich anprangerte, lösten in Deutschland Unruhe und Proteste aus. Während Hitler mit Rücksicht auf die Stimmung in der Bevölkerung das "Euthanasie"-Programm daraufhin offiziell einstellen ließ - 30.000 Behinderte starben anschließend in den KZ -, begann gleichzeitig in Deutschland und den besetzten Gebieten Europas die systematische Deportation und Ermordung von Juden in den Vernichtungslagern.
Verfolgung und Entrechtung der jüdischen Bevölkerung hatten mit Kriegsbeginn an Schärfe deutlich zugenommen. Die im Deutschen Reich ergriffenen antijüdischen Maßnahmen machten den Juden das Leben immer unerträglicher. Sie hatten sich strikten Ausgangsbeschränkungen zu fügen, Einkäufe durften nur zu vorgegebenen zeiten in bestimmten geschäften getätigt werden. Die Menschen wurden aus ihren Häusern und Wohnungen vertrieben und in "Judenhäusern" oder Sammellagern zusammengefasst. Eine medizinische Versorgung existierte für Juden nur noch in Ansätzen. Schrittweise verboten wurde ihnen der Besitz von Radio- und Telefongeräten, Kraftwagen und das Halten von Haustieren. Ab dem 19. September 1941 musste jeder Jude ab dem sechsten Lebensjahr einen gelben Stern deutlich sichtbar auf der Kleidung genäht tragen. Damit waren Juden für jedermann äußerlich erkennbar und mussten in der Öffentlichkeit jederzeit mit Schikanen und antisemitischen Angriffen rechnen. Am 23. Oktober 1941 erging für sämtliche in Deutschland lebenden Juden ein Ausreiseverbot. Trotzdem konnten noch etwa 8.500 deutsche Juden das Land bis 1945 illegal verlassen, knapp 190.000 hingegen wurden in den Vernichtungslagern des Ostens ermordet. Die ersten Massentransporte von deutschen Juden in den Osten begannen im Oktober 1941, nachdem der Völkermord an den europäischen Juden von der NS-Führung beschlossen und seine Planung und Ausführung im Juli 1941 dem Chef des RSHA Heydrich übertragen worden war.
Zahlreiche Regimegegner wie die Münchener "Weiße Rose" um die Geschwister Scholl, der "Kreisauer Kreis" oder die Attentäter vom 20. Juli 1944 entschlossen sich während des Zweiten Weltkriegs vor allem aufgrund nationalsozialistischer Verbrechen in Deutschland und den besetzten Gebieten zum aktiven Widerstand gegen den NS-Staat. Wiederum war es Freisler, der nach dem gescheiterten Attentat vom 20. Juli 1944 die Angeklagten mit hasserfüllter Stimme zum Tode verurteilte. Einer von ihnen war Albrecht von Hagen, ein enger Vertrauter von Claus Schenk Graf von Stauffenberg. Rund 7.000 Verdächtige im Zusammenhang mit dem Attentat wurden in den folgenden Monaten von der Gestapo inhaftiert, rund 5.000 von ihnen wurden bis Kriegsende hingerichtet oder starben an den Haftbedingungen. Hitler war von dem Ausmaß der Beteiligung an dem Umsturzversuch - vor allem von Wehrmachtsangehörigen - erschüttert. Um die zahlreichen am Attentat beteiligten Offiziere am zivilen Volksgerichtshof anklagen und aburteilen zu können, mussten sie zuvor von einem eigens einberufenen "Ehrenhof des Heeres" aus der Wehrmacht ausgestoßen werden. Als sichtbaren Ausdruck ihrer "unerschütterlichen" Treue gegenüber dem "Führer" führte die Wehrmacht Ende Juli 1944 den "Hitler-Gruß" als militärischen Gruß ein.
Die Führung des NS-Staates
Hitler war seit Beginn des Kriegs gegen die Sowjetunion für alltägliche innenpolitische Fragen kaum noch zugänglich und beschränkte sich weitgehend auf die Rolle als militärischer "Feldherr". Nach der Niederlage von Stalingrad Anfang 1943 scheute er die Öffentlichkeit, und es oblag Joseph Goebbels, in einer frenetischen Rede am 18. Februar 1943 den "Totalen Krieg" auszurufen. Hitlers persönliche Macht und sein absoluter Führungsanspruch blieben jedoch unangetastet. Zu der engsten Führungsspitze um den "Führer" gehörte neben Himmler, Goebbels, Göring, Albert Speer auch Martin Bormann. Nach dem Flug von Rudolf Heß nach Großbritannien im Mai 1941 hatte Hitler keinen neuen "Stellvertreter" ernannt, sondern eine "Parteikanzlei" der NSDAP unter Bormanns Leitung geschaffen, durch dessen Hände alle Regierungs- und Parteiangelegenheiten gingen. Ab April 1943 durfte sich Bormann "Sekretär des Führers" nennen. Was Hitler zumeist nur mündlich anordnete, formulierte Bormann als schriftlichen "Führerbefehl".
Zusammen mit Goebbels harrte Bormann bis zuletzt im Bunker unter der Berliner Reichskanzlei aus. Während die "Schlacht um Berlin" tobte, stimmte Hitler dem Vorschlag Bormanns zu, Göring verhaften zu lassen, nachdem dieser am 23. April 1945 von Berchtesgaden aus Hitlers Einverständnis zur Übernahme der Staatsgeschäfte erbeten hatte. Als Hitler am 28. April erfuhr, dass auch Himmler ihn "verraten" hatte und sich als seinen Nachfolger bei den Westalliierten vorschlug, bestärkte ihn wiederum Bormann, gegen Himmler einen Haftbefehl zu verfügen. Am Tag darauf zog sich Hitler mit einer Sekretärin zurück, um sein letztes politisches und persönliches Testament zu diktieren: Er stieß Himmler und Göring aus der NSDAP und allen Staatsämtern aus. Das Amt des Reichspräsidenten und des Oberbefehlshabers der Wehrmacht sollte Großadmiral Karl Dönitz übernehmen. Obwohl die Rote Armee nur wenige hundert Meter von der Reichskanzlei entfernt vorrückte, ließ es sich Hitler in seinem Wahn nicht nehmen, für Dönitz ein vollständiges Kabinett zusammenzustellen. Für ihre Treue zum "Führer" wurden Goebbels mit dem Amt des Reichskanzlers und Bormann mit dem des Parteiministers belohnt. Beide starben am 1. Mai 1945, einen Tag nach Hitlers Selbstmord. Eine Woche später erfolgte am 8. Mai die bedingungslose Kapitulation aller deutschen Streitkräfte.