In Polen trieben die deutschen Besatzer schon kurz nach dem Einmarsch die jüdische Bevölkerung in Ghettos der größeren Städte, aber auch in Dörfer zusammen. Ihr Zweck bestand in der Konzentrierung und Ausbeutung der Juden. Ab Dezember 1939 mussten alle Juden im besetzten polnischen "Generalgouvernement" zur Kennzeichnung eine weiße Armbinde mit dem blauen Davidstern tragen. In den Ghettos ernannten die Besatzer Judenräte, welche die deutschen Befehle zusammen mit der jüdischen Ghettopolizei umzusetzen hatten und die für die Verwaltung der Zwangsquartiere zuständig waren. Die Zusammenarbeit mit den deutschen Besatzern löste bei Mitgliedern von Judenräten häufig schwerste Gewissenskonflikte aus.
In Warschau, der Stadt mit der größten jüdischen Gemeinde Europas, fassten die Deutschen im November 1940 mehr als 350.000 Juden auf knapp 70, von anderen Stadtteilen durch hohe Mauern abgetrennte Straßenzüge zusammen und ließen sie - wie in anderen Ghettos - Zwangsarbeit verrichten. Die Arbeitskräfte für die Bewachung des Warschauer Ghettos wurden aus der nichtjüdischen, teils stark antisemitisch eingestellten Bevölkerung Warschaus rekrutiert. Infolge der völlig unzureichenden Versorgung und der schlechten hygienischen Verhätnisse starben täglich Hunderte, besonders Kinder und alte Menschen, an Hunger, Krankheiten und den im Ghetto grassierenden Epedemien. Ähnlich katastrophal waren die Zustände in den anderen Ghettos. In Lodz/Litzmannstadt riegelten die Besatzer im Frühjahr 1940 mit Stacheldraht einen Ghettobezirk ab. Den rund 164.000 Bewohnern standen 48.000 Räume zur Verfügung. Die Anzahl der Ghettobewohner stieg infolge von Deportationen aus Deutschland, Wien, Prag, Luxemburg und dem Warthegau 1941/42 auf über 200.000 Menschen. In der Stadt Krakau, traditionelles Zentrum polnisch-jüdischer Kultur und Intelligenz, begann im März 1940 die Errichtung eines mit Mauer- und Stacheldrahtsperren abgeriegelten Ghettos. Ghettobewohnern war grundsätzlich verboten, das Ghetto unerlaubt zu verlassen, Kontakt mit der Außenwelt aufzunehmen oder an die Absperrungen heranzutreten. Auf unbefugtes Verlassen der Ghettos oder auf das Schmuggeln dringend benötigter Lebens- und Arzneimittel stand die Todesstrafe.
Im Frühjahr 1942 begannen im Rahmen des NS-Völkermords die Deportationen von Juden in die Vernichtungslager. Die Ghettobewohner aus Warschau wurden ab Juli 1942 vor allem in das nahegelegene Lager Treblinka deportiert. Der Warschauer Judenrat musste täglich 6.000 Menschen für die Transporte zusammenstellen. Auch die Arbeiter in den Ghettobetrieben, die für die deutsche Rüstung tätig waren, blieben nun nicht mehr verschont. Anfang 1943, nachdem über 300.000 Ghettobewohner in Viehwaggons deportiert worden waren, unternahm die jüdische Widerstandsbewegung am 19. April 1943 im Warschauer Ghetto einen Aufstandsversuch. Während der rund vier Wochen dauernden Kämpfe wurden mehr als 56 000 Juden von SS- und Polizeieinheiten ermordet oder in Konzentrations- und Vernichtungslager deportiert, das Ghetto wurde dem Erdboden gleichgemacht. Bereits im März 1943 war das Krakauer Ghetto aufgelöst und die letzten Bewohner nach Auschwitz deportiert worden. Das Ghetto Lodz/Litzmannstadt bestand bis zur Endphase des Zweiten Weltkriegs. Der Befehl zur Liquidation des Ghettos erfolgte im August 1944: Über 60.000 Bewohner wurden nach Auschwitz gebracht.
Wie im okkupierten Polen, so wurden auch in den besetzten Gebieten der Sowjetunion viele Juden vor ihrer Ermordung in Ghettos konzentriert, andere fielen den "Einsatzgruppen" sofort zum Opfer. Das Ghetto Theresienstadt in Nordböhmen hatte eine Sonderfunktion. Ursprünglich sollte es als "Alters- und Vorzeigeghetto" neben älteren Juden auch jüdische Kriegsveteranen und "prominente" Juden wie Leo Baeck aufnehmen. Ab Juli 1942 wurden rund 140.000 vor allem tschechische, deutsche und österreichische Juden nach Theresienstadt deportiert. Mit der Inbetriebnahme der Gaskammern in Auschwitz-Birkenau entwickelte sich wie die anderen Ghettos aber auch Theresienstadt ab 1942 immer mehr zu einer Durchgangsstation in die Vernichtungslager.
