Nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion am 22. Juni 1941 rief Josef W. Stalin die sowjetische Bevölkerung in den besetzten Gebieten dazu auf, einen umfassenden "Volkskrieg" im Hinterland des Feindes zu organisieren. Doch verhielten sich Teile der Zivilbevölkerung anfänglich noch abwartend oder sogar tendenziell freundlich den Deutschen gegenüber. Vor allem die Bevölkerung des Baltikums und viele Ukrainer begrüßten die Wehrmacht als Befreier vom stalinistischen Regime. Mit zunehmender Brutalisierung der Besatzungsmacht stieg jedoch die Unterstützung für die Partisanen. Im Frühjahr 1942 setzte ein wirksamer Partisanenkrieg gegen die Deutschen ein, der von beiden Seiten mit beispielloser Härte geführt wurde. Verstärkt wurde der Hass auf die Deutschen auch durch wirtschaftliche Ausbeutung der besetzten Gebiete, durch die der Bevölkerung ihre Existenzgrundlagen weitgehend entzogen wurden.
Einen alles umfassenden "Volkskrieg", wie ihn Stalin forderte, konnte die Partisanenbewegung allerdings nie entfachen. Anfangs bestanden die Brigaden der Untergrundkämpfer hauptsächlich aus versprengten Angehörigen der Roten Armee und der sowjetischen Jugendorganisation Komsomol. Im weiteren Kriegsverlauf setzten sich die Partisaneneinheiten aus - zum Teil zwangsrekrutierten - männlichen Einwohnern der besetzten Gebiete zusammen. Aber auch Frauen und Kinder waren unter den Partisanen zu finden. Ab Mai 1942 wurde der Partisanenkrieg von der Kommunistischen Partei der Sowjetunion (KPdSU), der Roten Armee und dem sowjetischen Inlandsgeheimdienst "Volkskommissariat für Innere Angelegenheiten" (NKWD) allmählich stärker organisiert und militärischen Strukturen unterworfen. Von Mai 1942 bis Januar 1944 existierte - mit Unterbrechungen - ein "Zentralstab der Partisanenbewegung".
Die nur annäherungsweise bestimmbare Anzahl der Partisanen wuchs von Januar 1942 bis Sommer 1943 von ca. 30.000 auf etwa 200.000. Mit Rückeroberung der besetzten Gebiete durch die Rote Armee reduzierte sie sich allerdings kontinuierlich. Insgesamt kämpften zwischen 1941 und 1944 schätzungsweise rund 400.000 bis 500.000 Einwohner der Sowjetunion als Partisanen gegen die Wehrmacht und ihre ausländischen Verbündeten. Sie operierten zumeist in Gruppen von 300 bis zu 2.000 "Volksrächern" - wie sie sich selbst bezeichneten. Ihr militärischer Ausbildungsstand war uneinheitlich und variierte vom Spezialisten wie Scharfschützen oder Sprengmeister bis zum "angelernten Bauern". Unterschlupf fanden die Partisanen in getarnten Lagern, die sie vor allem in den ausgedehnten und schwer zugänglichen Wald- und Sumpfgebieten Weißrusslands und den besetzten Teilen der Ukraine und Russlands aufgebaut hatten. Die Versorgung mit Waffen und Gerät wurde zumeist durch die sowjetische Luftwaffe und aus deutschem Beutegut gesichert. Verpflegung und Kleidung waren häufig nur durch Requirierungen aus den jeweiligen Gebieten zu erhalten. Die um ihr Überleben kämpfende Bevölkerung litt dabei erheblich unter den gewaltsamen Plünderungen durch Partisanen, die sich den Hass der Einheimischen zuzogen.
Die Partisanen kontrollierten jedoch häufig auch große landwirtschaftliche Nutzflächen. Dadurch fügten sie den deutschen Besatzungsbehörden auf dem Ernährungssektor empfindliche Schäden zu, da die deutschen Armeen aus dem besetzten Land versorgt werden sollten. Mit dem sogenannten Schienenkrieg fügten die Partisanen der Wehrmacht ebenfalls hohe Verluste zu. So wurden im rückwärtigen Gebiet der Heeresgruppe Mitte - dem hauptsächlichen Operationsgebiet der Partisaneneinheiten - zwischen Juni und Dezember 1942 durchschnittlich fünf bis sechs Anschläge auf Bahneinrichtungen pro Tag verübt. Im Jahr 1943 wurden insgesamt ca. 11.000 Gleissprengungen, 9.000 entgleiste Züge, 40.000 zerstörte Waggons und 22.000 vernichtete Fahrzeuge gezählt. Während der sowjetischen Sommeroffensive 1943 erreichten diese Sabotageakte ihren Höhepunkt. So beeinträchtigten die Partisanen die Verbindungslinien und damit die Versorgung der deutschen Truppen mit Personal und Gerät erheblich. Aber auch die sowjetischen Truppen, die auf ihrem Vormarsch in großem Umfang die Bahn als Transportmittel nutzten, hatten unter diesen Zerstörungen zu leiden. Daneben banden die Partisanen größere deutsche Einheiten, da ihre Überfälle und Sabotageakte stark erhöhte Sicherungsmaßnahmen erforderlich machten.
Die Gegenmaßnahmen der Deutschen setzten 1942 massiv ein. Von Adolf Hitler ausgegebene Weisungen sahen die "restlose Ausrottung" der Partisanen im gesamten Ostraum vor. Der von den Deutschen als "Bandenbekämpfung" - die Bezeichnung Partisanen durfte seit Sommer 1942 aus psychologischen Gründen nicht mehr gebraucht werden - geführte Krieg gegen die Partisaneneinheiten war daher von Rücksichtslosigkeit und Brutalität geprägt. Heinrich Himmler, Reichsführer der Schutzstaffel (SS) und Chef der deutschen Polizei, hatte eigens dazu den Höheren SS- und Polizeiführer (HSSPF) Erich von dem Bach-Zelewski (1899-1972) zum "Bevollmächtigten für die Bandenbekämpfung" ernannt. Neben Polizei- und SS-Einheiten waren auch einheimische Hilfswillige und Wehrmachtstruppen für die Partisanenbekämpfung in speziell dafür zusammengestellten "Jagdkommandos" zuständig. Immer häufiger wurden aber auch unbeteiligte Zivilisten Opfer der "Säuberungsaktionen". Zumeist besetzten und umstellten die Deutschen nach einem Partisanenüberfall ein Dorf, in dem sie Verdächtige vermuteten. Nachdem sie die Einwohner einer Überprüfung unterzogen hatten, wurden häufig diejenigen ausgesondert, die zur Zwangsarbeit für fähig befunden wurden. Das Schicksal der übrigen blieb in den Händen des jeweiligen Kommandeurs. Zur Abschreckung der Bevölkerung wurden die Hingerichteten - tatsächliche Partisanen wie bloße Verdächtige - oft tagelang hängen- oder liegengelassen. Für die Jahre 1943 und 1944 sprachen "Erfolgsmeldungen" deutscher Stellen von insgesamt ca. 150.000 getöteten und 91.000 gefangenen "Banditen". Die tatsächliche Gesamtzahl der Opfer des Partisanenkriegs lässt sich kaum beziffern, er dürfte aber Hunderttausende sowjetischer Partisanen und Zivilisten sowie deutscher Soldaten das Leben gekostet haben.