Nach der Besetzung Griechenlands im Frühjahr 1941 begann in den italienisch, deutsch und bulgarisch kontrollierten griechischen Gebieten ein Partisanenkrieg. Aus der linksgerichteten Widerstandsgruppe EAM ging im Frühjahr 1942 die paramilitärische Organisation ELAS unter Führung des Kommunisten Aris Velouchiotis hervor. Nach seiner Absetzung übernahm Stephanos Seraphis das Kommando über die kommunistische ELAS. Im Epirusgebirge gründete der ehemalige Oberst der griechischen Armee Napoleonas Zervas die national-republikanische EDES. Daneben gab es noch zahlreiche kleinere und unabhängig voneinander operierende Widerstandsgruppen.
Die beiden "großen" Partisanenverbände ELAS und EDES verfügten anfangs über nur wenige Waffen und Kämpfer - 1942 waren es jeweils einige hundert. Auch die Unterstützung aus der Bevölkerung war zurückhaltend. Nachdem jedoch eine für den deutschen Nachschub wichtige Eisenbahnbrücke bei den Schluchten von Gorgopotamos gesprengt wurde, erhielten die Untergrundkämpfer verstärkt Zulauf. Im Sommer 1943 verfügte die ELAS über rund 16.000 Kämpfer, die EDES über etwa 7.000. Ein Jahr später hatte sich die Anzahl bei der ELAS verdreifacht, bei der EDES verdoppelt. Die Briten unterstützten beide Partisanenverbände mit Waffen, Kleidung, Schuhen und Nahrungsmitteln. Allerdings konnten die britischen Verbindungsoffiziere die Parteien nur zeitweise für operative Bündnisse zusammenbringen.
Bei vielen Griechen war die ELAS aufgrund ihrer Rücksichtslosigkeit auch gegenüber eigenen Landsleuten verhasst. Dennoch verfügte sie über den weitaus größeren Rückhalt in der Bevölkerung. Insgesamt wurden die ELAS und ihre "Dachorganisation" EAM von Hunderttausenden Griechen auf irgendeine Weise unterstützt. Nach dem Sturz von Benito Mussolini als Folge der alliierten Landung auf Sizilien im Juli 1943 und dem Bruch der Achse Berlin-Rom fielen die Waffen von 270.000 kapitulierenden Italienern hauptsächlich der ELAS in die Hände. Aufgrund von Rivalitäten zwischen der monarchischen EDES und der kommunistischen ELAS begannen im Winter 1943/44 heftige Kämpfe innerhalb der griechischen Partisanenbewegung. Um klare Machtverhältnisse in Griechenland nach einem Abzug der deutschen Truppen zu schaffen, hatten ELAS-Kämpfer die schwächeren EDES-Truppen Ende 1943 angegriffen. Die Kämpfe wurden von der Wehrmacht zu einem umfassenden Schlag gegen beide Gruppen genutzt. Die EDES stand danach kurz vor ihrem Zusammenbruch und handelte Waffenstillstände mit den Deutschen aus, von denen sie sich im Kampf gegen die ELAS mit Waffen und Gerät unterstützen ließ.
Die Herrschaftspraxis der Besatzer auf dem Peloponnes war vom Terror gegen Zivilisten geprägt. Zumeist deklarierten sie ihn als "gerechte Vergeltungsmaßnahmen" für Aktionen der Partisanen, so auch in dem Dorf Kalavryta. Dort verübte die Wehrmacht am 13. Dezember 1943 ein grausames Massaker. Nach griechischen Angaben wurden rund 1.200 Dorfbewohner systematisch ermordet, nachdem Partisanen der ELAS zuvor etwa 80 deutsche Soldaten gefangengenommen und rücksichtslos erschossen hatten. Insgesamt wurden etwa 70.000 bis 80.000 Griechen im Partisanenkrieg oder bei Vergeltungsaktionen von deutschen, italienischen und bulgarischen Truppen getötet, rund 1.700 griechische Dörfer zerstört.