Während es nach der britisch-französischen Kriegserklärung an das Deutsche Reich am 3. September 1939 in einem "Sitzkrieg" entlang der deutsch-französischen Grenze monatelang zu keinen nennenswerten Kampfhandlungen kam, setzte der Krieg zur See unmittelbar ein. Hauptaufgabe der deutschen Kriegsmarine unter Erich Raeder war die Bekämpfung der für das importabhängige Großbritannien lebenswichtigen überseeischen Nachschubverbindungen. Durch Verminung britischer Seehäfen und Versenkung einer möglichst hohen Zahl gegnerischer Handelsschiffe sollte der Seeweg von Amerika nach Großbritannien zu einer "Fahrt in den Tod" werden. Tatsächlich erzielte die deutsche Kriegsmarine in den ersten beiden Kriegsjahren beträchtliche Wirkung, indem sie britische Kriegs- und Handelsschiffe mit mehreren Millionen Bruttoregistertonnen (BRT) versenkte.
Vor allem der deutsche U-Boot-Krieg gegen Konvois und Geleitzüge führte 1940 und 1941 zu schweren britischen Tonnageverlusten und zu zeitweiligen Versorgungskrisen in Großbritannien. Eine Kontrolle der Schiffahrtsrouten und ein nahezu vollständiges Abschneiden der Britischen Inseln von Versorgungslieferungen konnte im Zweiten Weltkrieg jedoch nicht annähernd erreicht werden. Neben den U-Booten brachten deutsche Hilfskreuzer den Alliierten große Verluste bei. Die umgebauten schnellen Handelsschiffe täuschten im Atlantik, Indischen Ozean oder Pazifik alliierte und neutrale Schiffe mit falscher Flagge und verdeckten Kanonen. Auf Anweisung der deutschen Seekriegsleitung sollten aufgrund der Überlegenheit der britischen Flotte direkte Auseinandersetzungen deutscher Kriegsschiffe mit britischen vermieden werden. Der Verlust von drei Kreuzern und zehn Zerstörern im norwegischenn Narvik im April 1940 hatte die hoffnungslose Unterlegenheit der deutschen Marine gegenüber der britischen noch weiter zuungunsten der Deutschen verändert. Die Briten hingegen suchten gezielt die direkte Konfrontation mit deutschen Kriegsschiffen, wobei aber auch die britische "Home Fleet" schwere Verluste hinnehmen musste. Für die Deutschen waren die Verluste in Seegefechten aufgrund der geringeren Kapazitäten jedoch weitaus schwerwiegender. Vor allem die Versenkung des für unsinkbar gehaltenen größten deutschen Schlachtschiffs "Bismarck" 400 Seemeilen vor der französischen Atlantikküste am 27. Mai 1941 war für die Kriegsmarine ein nicht auszugleichender Verlust.
Ab 1942 verlangte auch der U-Boot-Krieg immer höhere Opfer, nachdem die Briten den deutschen Funkverkehr "Ultra" entschlüsseln sowie mit neu entwickelter Sonar- und Radartechnik die Unterwasserboote orten und bekämpfen konnten. Dennoch gab Adolf Hitler im Januar 1943 dem Bau von U-Booten gegenüber Großkampfschiffen den Vorzug. Ebenso wie Raeders Nachfolger Karl Dönitz erkannte auch Hitler im U-Boot-Krieg die einzige Möglichkeit, den Westmächten die Verlegung einer für die Invasion auf dem Kontinent benötigten Streitmacht von Nordamerika nach Großbritannien zu verwehren. Nachdem jedoch allein in den ersten drei Maiwochen 1943 über 30 deutsche U-Boote versenkt wurden, brach Dönitz die "Atlantik-Schlacht" am 24. Mai vorerst ab. Mit den alliierten Ortungsmöglichkeiten und der nahezu vollständigen Luftüberwachung der durch den Nordatlantik geführten Konvois durch Langstreckenflugzeuge und Geleitflugzeugträger standen die dramatisch steigenden Verluste der deutschen U-Boote in keinem Verhältnis zu ihren Erfolgen.
Der Seekrieg spielte im weiteren Kriegsverlauf trotz immer wiederkehrender deutscher Versenkungserfolge keine entscheidende Rolle mehr. Bei der deutschen Kapitulation am 8. Mai 1945 verfügte die Kriegsmarine mit einem Schweren und einem Leichten Kreuzer über nur noch zwei einsatzfähige Kriegsschiffe. Das Schlachtschiff "Gneisenau" war im Februar 1942 durch einen Bombenangriff außer Gefecht gesetzt, die "Scharnhorst" im Dezember 1943 und die "Tirpitz" im November 1944 durch die Briten versenkt worden. Die deutsche Niederlage im Seekrieg ermöglichte es der US-Armee ab 1943, gewaltige Mengen an Kriegsmaterial und hunderttausende Soldaten für die Landung in Sizilien sowie für die Invasion in der Normandie nahezu ungehindert über den Atlantik nach Nordafrika und Europa zu führen.
