Nach der Besetzung Jugoslawiens durch die Wehrmacht im Frühjahr 1941 und dem Zerfall des Vielvölkerstaats nahm in Serbien eine nationalistische Gruppe unter Oberst Dragoljub Mihailovic (1893-1946) als erste Partisaneneinheit im Zweiten Weltkrieg den Kampf gegen die Deutschen auf. Mihailovic zog sich mit seinen nur schwach bewaffneten Milizen - den sogenannten Tschetniks - ins Gebirge zurück, um von dort aus in kleineren Operationen gegen die Besatzer zu kämpfen Aus Rache für die ersten spontanen Widerstandsaktionen führten die Deutschen im Herbst 1941 Massenerschießungen durch, denen Zehntausende Serben zum Opfer fielen. Auch um weitere Massaker unter der Zivilbevölkerung zu vermeiden, sahen die Aufständischen von größeren Aktionen ab. Eine umfassende bewaffnete Erhebung sollte erst ausgerufen werden, wenn die Besatzer in einem Kleinkrieg zermürbt worden waren und sich auch die allgemeine Kriegslage gegen sie gewendet hatte.
Nach dem Scheitern einer Allianz mit kommunistischen Partisanen wurden diese von den Tschetniks zu ihren Hauptfeinden erklärt, womit ein blutiger Bürgerkrieg innerhalb der Partisanenbewegung begann. Nachdem die erhoffte alliierte Landung auf dem Balkan ausblieb, trafen die eher lokal organisierten Tschetniks verschiedentlich eigenmächtig Abkommen mit den Besatzern. Viele Tschetnikführer, auf die Mihailovic immer weniger Einfluss hatte, arbeiteten offen mit Italienern und Deutschen zusammen. Auf der Konferenz von Teheran Ende 1943 beschlossen daher die USA, die Sowjetunion und Großbritannien, die Unterstützung für die Tschetniks einzustellen. Ihre Gesamtstärke betrug zu diesem Zeitpunkt rund 12.000 bis 15.000 Mann. Mihailovic wurde 1946 wegen Kollaboration mit den Deutschen erschossen.
Mehr Erfolg im Kampf gegen die Besatzer hatten die kommunistischen Partisanen. Im Sommer 1941 formierte die Kommunistische Partei Jugoslawiens (KPJ) den "Hauptstab der Volksbefreiungs- und Partisaneneinheiten" unter Führung von Josip Broz Tito. Trotz mehrmaliger Gesuche Titos unterblieb bis kurz vor Kriegsende militärische Hilfe aus Moskau. Vielmehr unterstützte die britische Regierung unter Winston Churchill die kommunistischen Partisanen. Sie konnten einige Gebiete Serbiens unter ihre Kontrolle bringen, bevor deutsche, kroatische und italienische Offensiven sie im Juli 1942 zu verlustreichen Rückzugsbewegungen nach Bosnien - dem sogenannten Langen Marsch - zwangen. Im November 1942 erfolgte die Gründung des "Antifaschistischen Rates der Nationalen Befreiung Jugoslawiens", einer Art provisorischen Parlaments im bosnischen Bihaæ. Titos Partisanenbewegung nahm damit - für kurze Zeit - einen weniger kommunistisch als vielmehr nationalen Charakter an. Damit gewann sie Sympathien bei Bevölkerungsteilen, die sich bis dahin den Kommunisten gegenüber reserviert verhalten hatten. Die Anzahl der Tito-Partisanen stieg von Dezember 1941 bis Winter 1944/45 von ca. 80.000 auf mehr als 400.000 Mann an, die Brücken sprengten, Telefonleitungen kappten, Konvois überfielen und den Besatzern damit hohe Verluste zufügten. Die Tito-Brigaden, deren Strukturen und Bewaffnung bei Kriegsende denen einer regulären Armee entsprachen, kontrollierten schließlich große Teile des Lands.
Gegen die Partisanen wurden zwischen Januar 1942 und Mai 1944 von deutschen, italienischen, kroatischen und bulgarischen Verbänden mehrere Großoffensiven geführt, an denen bis zu 120.000 Soldaten beteiligt waren. Obwohl die Offensiven aus Sicht der Angreifer oft erfolgreich verliefen, konnten die Partisanen nie vollständig aufgerieben bzw. ihre Einheiten vernichtend geschlagen werden. Durch Rückzug in für Fahrzeuge kaum passierbare Gebiete konnten starke Partisanenkontingente wiederholt entkommen. Wie der Partisanenkampf in der Sowjetunion wurde auch der Partisanenkrieg auf dem Balkan von beiden Seiten mit äußerster Grausamkeit geführt. Gegenseitige Gefangennahmen waren selten, und auch Zivilisten mussten für tatsächliche oder vermutete Unterstützung für den jeweiligen Feind mit dem Leben bezahlen.
Nachdem der Schutzstaffel (SS) 1943 die "Bandenjagd" übertragen worden war, stieg die Zahl ziviler Opfer binnen weniger Monate erheblich an. Besonders die aus "Volksdeutschen" rekrutierte SS-Division "Prinz Eugen" machte sich zahlreicher Verbrechen schuldig. Daneben begingen vor allem kroatische Ustaša-Einheiten und national-russische Kosakenverbände zahlreiche Grausamkeiten. Der Terror gegen die Zivilbevölkerung hatte allerdings keineswegs die gewünschte abschreckende Wirkung, sondern vergrößerte vielmehr den Hass auf die Besatzer.