Nach dem deutschen Sieg über Frankreich wurde am 22. Juni 1940 im Wald von Compiègne ein Waffenstillstand unterzeichnet, der zu einer Teilung des Landes führte: Die Nordhälfte Frankreichs unter Einschluss der Industriegebiete sowie der französischen Atlantikküste bis zur spanischen Grenze unterstand einer in Paris residierenden deutschen Militärverwaltung unter General Otto von Stülpnagel (1878-1948). Die nordfranzösischen Departements Nord und Pas de Calais wurden dem deutschen Militärbefehlshaber in Belgien unterstellt. Elsass und Lothringen, die Deutschland aufgrund der Versailler Vertragsbestimmungen 1919 an Frankreich abtreten musste, wurden der Zivilverwaltung der angrenzenden deutschen Gaue Baden und Saar-Pfalz unterstellt und faktisch - wenn auch nicht staatsrechtlich - vom Deutschen Reich annektiert. Im von der Wehrmacht unbesetzten Süden war Vichy im Departement Allier ab Juli 1940 Sitz einer neuen französischen Regierung unter Henri Philippe Pétain. Dem Vichy-Regime unterstanden ungefähr 40 Prozent des französischen Staatsgebiets mitsamt den Kolonien sowie ein 100.000 Mann starkes Heer.
Während im besetzten Teil Frankreichs der Kommandostab in der Militärverwaltung die deutschen Besatzungstruppen befehligte, kontrollierte der Verwaltungsstab die französische Verwaltung. Ziel der Deutschen war eine Besatzungsform mit einem Minimum an militärischem und verwaltungsmäßigem Aufwand, was die Bereitschaft französischer Verwaltungsbehörden und nicht zuletzt eines großen Teils der französischen Bevölkerung zu einer reibungslosen Zusammenarbeit mit den deutschen Besatzern voraussetzte. Tatsächlich reichte der deutschen Militärverwaltung ein relativ kleiner Apparat von insgesamt 1.200 Beamten und Offizieren, den besetzten Teil Frankreichs zu regieren und die vom Deutschen Reich zur Kriegführung dringend benötigten industriellen und landwirtschaftlichen Lieferungen sicherzustellen. Langfristig sollte eine funktionierende französische Wirtschaft in einen von Deutschland angestrebten und dominierten Großwirtschaftsraum integriert werden. Um die deutsche Kriegswirtschaft zu entlasten, wurden französischen Firmen im Zweiten Weltkrieg zunehmend Aufträge von deutscher Seite übertragen und die Wirtschaftskraft Frankreichs fast vollständig auf die Bedürfnisse des Deutschen Reichs eingestellt. Die Kosten der Besatzung wurden von Frankreich eingefordert, das 20 Millionen Reichsmark täglich zu zahlen hatte. Die von den Deutschen bewusst zu hoch berechneten Besatzungskosten machten die größten Belastungen für den französischen Staatshaushalt aus, dem kein entsprechendes Steueraufkommen gegenüberstand.
Gegen das deutsche Besatzungsregime sowie gegen die mit ihm kollaborierende Vichy-Regierung erhoben sich zahlreiche Gruppierungen der Résistance, die untereinander jedoch häufig nicht frei von politischen Spannungen waren. Ihr Widerstand reichte von Streiks über Nachrichtenübermittlung an die Alliierten bis hin zu gezielten Attentaten und Sabotageakten, die besonders nach dem deutschen Überfall auf die Sowjetunion am 22. Juni 1941 massiv zunahmen. Entgegen den Forderungen von Adolf Hitler und des Chefs des Oberkommandos der Wehrmacht (OKW), Wilhelm Keitel, lehnten es Stülpnagel und sein fast ausschließlich aus konservativen Nicht-Nationalsozialisten bestehender Stab ab, als Sühnemaßnahmen auf Attentate Massenerschießungen von Geiseln anzuordnen. Der ohnehin latente Konflikt zwischen der Militärverwaltung in Paris und der deutschen Führung in Berlin um grundlegende Fragen der Besatzungspolitik eskalierte schließlich derart, dass Otto von Stülpnagel am 15. Februar 1942 zurücktrat und durch seinen Vetter Carl Heinrich von Stülpnagel ersetzt wurde. Nachdem sich dieser mit weiteren Angehörigen seines Stabs aktiv an den Vorbereitungen zum Attentat vom 20. Juli 1944 beteiligt hatte, wurde Carl Heinrich von Stülpnagel vom Volksgerichtshof zum Tode verurteilt und am 30. August 1944 hingerichtet.
Im März 1942 begannen die Deportationen von Juden aus Frankreich in die Vernichtungslager im Osten. Entrechtung und Enteignung von Juden sowie die Arisierung ihres Besitzes waren zuvor im besetzten sowie durch parallele antisemitische Maßnahmen der Vichy-Regierung auch im unbesetzten Teil Frankreichs schneller als in den anderen von Deutschland besetzten west- und nordeuropäischen Ländern vorangeschritten. Bei der Verfolgung und der Deportation von Juden zeigten sich französische Behörden durch Registrierung und Internierung durchaus kooperationsbereit. Mit dem Einmarsch der Wehrmacht in die unbesetzte Südzone Frankreichs am 11. November 1942 als Antwort auf die alliierte Landung in Nordafrika wurden die Deportationen im Süden Frankreichs unter deutscher Leitung forciert. Die Franzosen lieferten der Besatzungsmacht vorzugsweise ausländische und staatenlose Juden in der Hoffnung aus, damit viele Juden mit französischer Staatsangehörigkeit retten zu können. Rund 76.100 aus Frankreich deportierte Juden fielen dem NS-Völkermord zum Opfer.
Judenverfolgung, Zwangsrekrutierung französischer Arbeitskräfte für die deutsche Wirtschaft und zunehmender Terror der Deutschen gegenüber der französischen Bevölkerung mit - ab Mai 1942 in der Verantwortung des Höheren SS- und Polizeiführers Carl Oberg (1897-1965) liegenden - Geiselerschießungen verstärkten den Zulauf zur Résistance. Im Mai 1943 gelang es Charles de Gaulle von seinem Londoner Exil aus, einen Zusammenschluss der zumeist regional organisierten Widerstandsgruppen zu erreichen, deren Aktionen anschließend an Schlagkraft gewannen. Nach der alliierten Invasion in der Normandie am 6. Juni 1944 kämpften Zehntausende von Mitgliedern der Résistance an der Seite von Briten und Amerikanern oder verübten Sabotageaktionen im Hinterland. Bis zur Befreiung Frankreichs im September 1944 starben insgesamt 20.000 bis 30.000 Résistanceangehörige bei Kämpfen oder durch Exekutionen.
