Die bereits seit Gründung der Deutsch-Freisinnigen Partei 1884 bestehenden innerparteilichen Differenzen zwischen gemäßigten und linksliberalen Mitgliedern kamen schließlich in der Reichstagsabstimmung über die Militärvorlage am 6. Mai 1893 offen zum Vorschein. Sechs Abgeordnete, darunter der Direktor der Deutschen Bank Georg von Siemens, stimmten im Gegensatz zur Fraktionsmehrheit für die Regierungsvorlage des Reichskanzlers Leo von Caprivi. Unmittelbar nach dem Abstimmungseklat forderte Parteiführer Eugen Richter den Ausschluss der sechs Abtrünnigen aus der Deutsch-Freisinnigen Partei, der von der Fraktion mit einer knappen Mehrheit beschlossen wurde. Die Befürworter der Heeresvorlage erhielten nach dem Ausschluss unerwartete Unterstützung, denn die Mitglieder des gemäßigten Parteiflügels unter der Führung von Karl Schrader (1834-1913) erklärten ihren Parteiaustritt und formierten sich mit den Ausgeschlossenen zur Freisinnigen Vereinigung. Deren personelle Zusammensetzung glich weitgehend der von 1880-1884 bestehenden Liberalen Vereinigung. Der verbliebene linke Parteiflügel der Deutsch-Freisinnigen Partei um Eugen Richter konstituierte sich nach der Spaltung als Freisinnige Volkspartei.
Durch die Auflösung des Reichstags nach der Ablehnung der Caprivischen Militärvorlage fielen das Zerwürfnis der Deutsch-Freisinnigen Partei und die Formierung der beiden neuen Gruppierungen mit der Reichstagswahl 1893 zusammen. Im Wahlkampf trat die Freisinnige Vereinigung besonders für eine wirtschaftsliberale Handels-, Steuer- und Zollpolitik ein. Doch aufgrund der Spaltung der linksliberalen Fraktion und dem damit einhergehenden Vertrauensverlust in der Bevölkerung mussten beide liberalen Parteien deutliche Stimmenverluste bei der Reichstagswahl am 15. Juni 1893hinnehmen. Die Freisinnige Vereinigung erreichte nur 13 Mandate. Erst nach der Reichstagswahl trafen sich die Mitglieder zur konstituierenden Generalversammlung. Der Fraktionsvorsitzende Schrader erklärte, dass die Freisinnige Vereinigung nicht eine geschlossene Partei sei, sondern eher als "Wahlverein der Liberalen" agieren sollte. Aufgrund der zahlreichen Trennungen und Abspaltungen in der Vergangenheit waren die Parteiführer nicht bestrebt, die verschiedenen liberalen Strömungen erneut in einer großen Partei zu vereinen, sondern eine konstruktive und wirkungsvolle Zusammenarbeit aller liberalen Gruppen im Reichstag zu erreichen.
Ein eigentliches Parteiprogramm besaß die Freisinnige Vereinigung nicht. Die Realisierung der programmatischen Forderungen der Deutsch-Freisinnigen Partei von 1884 blieben weiterhin gültig. Auch die innere Organisation der Vereinigung blieb lose und unverbindlich, geregelte Statuten für Mitglieder gab es ebenso wenig wie Wahlen zu den alljährlichen Generalversammlungen, an denen jedes Mitglied teilnehmen konnte. Die Bestimmungen für die Mitgliedschaft beschränkten sich einzig auf die Festlegung eines jährlichen Beitrags von zwei Reichsmark. Zu den bekannteren Mitgliedern gehörten unter anderem der Publizist Hellmut von Gerlach, der Theologe Friedrich Naumann, der Politiker Rudolf Breitscheid, die Frauenrechtlerin Helene Lange und Theodor Barth (1849-1909), der Herausgeber der Liberalen Wochenzeitschrift "Die Nation".
Die Zentren der Freisinnigen lagen neben Bremen, wo sie bei der Reichstagswahl 1893 stärkste Partei wurde, in Pommern, Schleswig-Holstein, Lübeck und Mecklenburg-Strelitz. Fast zwei Drittel ihrer Kandidaten für die Reichstagswahl am 16. Juni 1898 kamen aus den ostelbischen Gebieten. Als Vertreter wirtschaftsliberaler und großbürgerlicher Interessen verfügten die Mitglieder der Freisinnigen Vereinigung über gute Kontakte zu zahlreichen Handelskammern, Handelsgesellschaften und -vereinen wie dem Deutschen Handelstag, dem Zentralverband des deutschen Bank- und Bankiergewerbes, dem Verein zur Förderung der Handelsfreiheit und dem Verein zum Schutze der deutschen Goldwährung. Die Vereinigung unterstütze im Gegensatz zur Freisinnigen Volkspartei auch die Flottengesetze von Alfred von Tirpitz aus den Jahren 1898 und 1900 sowie die Kolonialpolitik des Reichskanzlers Bernhard von Bülow. Damit näherte sie sich im Laufe der Jahre im weiter den Positionen der Nationalliberalen Partei an, die sich ihrerseits zunehmend für die linksliberalen Gruppierungen öffnete.
Die Idee einer Vereinigung aller liberalen Parteien kursierte bereits Ende der 1890er Jahre, eine Fusion mit den Nationalliberalen kam aber trotz zahlreicher gemeinsamer Standpunkte nicht zustande. Vielmehr traf sich 1905 eine kleine Gruppe von Vertretern der Freisinnigen Vereinigung, der Freisinnigen Volkspartei und der Deutschen Volkspartei zu vertraulichen Gesprächen und der Ausarbeitung einer gemeinsamen Plattform für die inhaltliche und später auch organisatorische Vereinigung der drei linksliberalen Parteien. Dem von den Verhandlungsführern entwickelten "Frankfurter Minimalprogramm" stimmte der Delegiertentag der Freisinnigen Vereinigung im Februar 1906 zu. Nach gemeinsamen Wahlkampf, in dem sich die Linksliberalen mit der Deutsch-Konservativen Partei, der Freikonservativen Partei und der Nationalliberalen Partei im regierungsfreundlichen "Bülow-Block" formierten, und der Reichstagswahl am 25. Januar 1907 bildeten die drei Parteien eine Fraktion. Mit ihrem Zusammenschluss zur Fortschrittlichen Volkspartei 1910 entstand erstmals in Deutschland eine einheitliche Partei der linksliberalen Kräfte.
